scverse/spatialdata-io

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Stelle: 103
Fork: 65
Issue aperte per principianti: 1
Issue indicizzate: 70
Merge medio: 1h 8m
PR unite (30g): 3

Lingua principale: Python
Licenza: BSD-3-Clause
Ultimo push su GitHub: 9/9/2026
Ultima indicizzazione: 19/9/2026
Guida per i contributori: Guida per i contributori
Codice di condotta: Codice di condotta
Label per principianti: Nessuna label per principianti indicizzata

Adatte ai principianti Tutto

Aperta Tutte

Visium HD: empty `dataset_id` default produces an unnamed coordinate system that napari-spatialdata can't select Aperta

bug

Difficoltà 3/5 1-2 giorni Idoneità per principianti 58/100

scverse/spatialdata-io#422 · Aperta il 16/9/2026
AI-generated: macsima() uses the OME plane positions as pixel padding widths, truncated Aperta

Difficoltà 4/5 3-5 giorni Idoneità per principianti 45/100

scverse/spatialdata-io#419 · 1 commento · Aperta il 9/9/2026
MCMICRO reader does not support new nf-core/mcmicro output formats Aperta

Difficoltà 5/5 Più di una settimana Idoneità per principianti 48/100

scverse/spatialdata-io#409 · 1 reazione · Aperta il 22/7/2026
Visium in matrix market format Aperta

Difficoltà 3/5 1-2 giorni Idoneità per principianti 52/100

scverse/spatialdata-io#408 · Aperta il 15/7/2026
Feature request: lazy parsing of the pyramidal OME-TIFF morphology focus in Xenium Aperta

xenium

Difficoltà 4/5 3-5 giorni Idoneità per principianti 52/100

scverse/spatialdata-io#407 · Aperta il 12/7/2026
CosMx Reader Incorrectly Assumes Image Dimension Order Aperta

Difficoltà 3/5 1-2 giorni Idoneità per principianti 55/100

scverse/spatialdata-io#403 · 2 commenti · Aperta il 4/6/2026
Xenium Fails to read third party segmentation Aperta

bug xenium

Difficoltà 3/5 1-2 giorni Idoneità per principianti 48/100

scverse/spatialdata-io#402 · 1 commento · 2 reazioni · Aperta il 29/5/2026
Xenium transcript dask DataFrame has non-unique index; `transcript_id` is the natural unique key Aperta

xenium

Difficoltà 5/5 Più di una settimana Idoneità per principianti 35/100

scverse/spatialdata-io#397 · Aperta il 15/5/2026
Handling of case-variant column names in CosMx data Aperta

Difficoltà 3/5 1-2 giorni Idoneità per principianti 45/100

scverse/spatialdata-io#393 · 1 commento · Aperta il 28/4/2026
filtered_counts_file parameter for cell-segmented matrices Aperta

visium-hd

Difficoltà 3/5 1-2 giorni Idoneità per principianti 65/100

scverse/spatialdata-io#390 · Aperta il 8/4/2026
Add Xenium Explorer GeoJSON import Aperta

Difficoltà 4/5 3-5 giorni Idoneità per principianti 35/100

scverse/spatialdata-io#385 · 1 commento · Aperta il 12/3/2026
BMKS300 Aperta

Difficoltà 5/5 Più di una settimana Idoneità per principianti 25/100

scverse/spatialdata-io#384 · 2 commenti · Aperta il 10/3/2026
spatialdata.write fails on Xenium sdata in env with pandas 3.0.0 Aperta

xenium

Difficoltà 3/5 1-2 giorni Idoneità per principianti 52/100

scverse/spatialdata-io#364 · 4 commenti · 2 reazioni · Aperta il 3/2/2026
Error reading Xenium data: morphology file missing Aperta

xenium

Difficoltà 3/5 1-2 giorni Idoneità per principianti 42/100

scverse/spatialdata-io#362 · 2 commenti · Aperta il 1/2/2026
Error with spatialdata_io.xenium() reader Aperta

xenium

Difficoltà 3/5 1-2 giorni Idoneità per principianti 45/100

scverse/spatialdata-io#361 · 2 commenti · 1 reazione · Aperta il 30/1/2026
visium_hd reader: load_segmentations_only = False still loads segmentation results Aperta

Difficoltà 3/5 1-2 giorni Idoneità per principianti 45/100

scverse/spatialdata-io#359 · 4 commenti · Aperta il 22/1/2026
Anndata compatible version with spatialdata-io 5.1/5.0 Aperta

Difficoltà 4/5 3-5 giorni Idoneità per principianti 30/100

scverse/spatialdata-io#346 · 1 commento · Aperta il 18/11/2025
Improve the contribution guide by adding some examples Aperta

Difficoltà 2/5 1-3 ore Idoneità per principianti 35/100

scverse/spatialdata-io#340 · 1 reazione · Aperta il 1/11/2025
PyArrow OSError: Unexpected end of stream Aperta

Difficoltà 3/5 1-2 giorni Idoneità per principianti 35/100

scverse/spatialdata-io#334 · 4 commenti · Aperta il 27/10/2025
proposal for friendly spatialdata_io.stereoseq function Aperta

Difficoltà 5/5 Più di una settimana Idoneità per principianti 25/100

scverse/spatialdata-io#355 · 1 commento · Aperta il 17/9/2025
Xenium read error Aperta

Difficoltà 4/5 3-5 giorni Idoneità per principianti 35/100

scverse/spatialdata-io#325 · 9 commenti · Aperta il 17/9/2025
How to read BGI's STOmics spatial transcriptomics data? Aperta

Difficoltà 4/5 3-5 giorni Idoneità per principianti 30/100

scverse/spatialdata-io#322 · Aperta il 7/9/2025
Recommended approach for reading multiple Xenium slides with mutual panel at once Aperta

Difficoltà 5/5 Più di una settimana Idoneità per principianti 25/100

scverse/spatialdata-io#319 · 1 commento · Aperta il 2/9/2025
ENHANCEMENT: to_legacy_anndata support with region > 1 Aperta

Difficoltà 4/5 3-5 giorni Idoneità per principianti 42/100

scverse/spatialdata-io#318 · 12 commenti · Aperta il 1/9/2025
Cosmx reader: CellOverlay is skipped Aperta

Difficoltà 2/5 1-3 ore Idoneità per principianti 55/100

scverse/spatialdata-io#313 · 1 commento · 1 reazione · Aperta il 11/8/2025
`xenium_aligned_image` assumes the image has 3 or 4 channels Aperta

Difficoltà 3/5 1-2 giorni Idoneità per principianti 45/100

scverse/spatialdata-io#311 · Aperta il 31/7/2025
Unable to read xenium data Aperta

Difficoltà 3/5 1-2 giorni Idoneità per principianti 35/100

scverse/spatialdata-io#309 · Aperta il 30/6/2025
`xenium` fails on imported segmentation Aperta

Difficoltà 3/5 1-2 giorni Idoneità per principianti 52/100

scverse/spatialdata-io#308 · 1 reazione · Aperta il 17/6/2025
`spatialdata_io.xenium` results in `NA` feature names in the `transcripts` Spatial Element Aperta

Difficoltà 3/5 1-2 giorni Idoneità per principianti 50/100

scverse/spatialdata-io#306 · Aperta il 21/5/2025
VisiumHD: Reading in raw_probe_bc_matrix.h5 Aperta

Difficoltà 3/5 1-2 giorni Idoneità per principianti 52/100

scverse/spatialdata-io#300 · Aperta il 8/4/2025
Unique cell_ID issue with cosmx reader Aperta

Difficoltà 3/5 1-2 giorni Idoneità per principianti 25/100

scverse/spatialdata-io#291 · 3 commenti · Aperta il 18/3/2025
Use `scanpy` for reading matrixes Aperta

Difficoltà 2/5 1-3 ore Idoneità per principianti 55/100

scverse/spatialdata-io#288 · Aperta il 15/3/2025
Read `cell_feature_matrix` in market format Aperta

Difficoltà 4/5 3-5 giorni Idoneità per principianti 35/100

scverse/spatialdata-io#287 · 4 commenti · Aperta il 13/3/2025
VisiumHD: load scalefactor microns_per_pixel in anndata Aperta

Difficoltà 3/5 1-2 giorni Idoneità per principianti 35/100

scverse/spatialdata-io#286 · 5 commenti · Aperta il 11/3/2025
Python Environment Aperta

Difficoltà 3/5 1-2 giorni Idoneità per principianti 25/100

scverse/spatialdata-io#277 · 1 commento · Aperta il 14/2/2025
Add `dataset_id` prefix to tables in Visium HD Aperta

visium-hd

Difficoltà 3/5 1-2 giorni Idoneità per principianti 45/100

scverse/spatialdata-io#273 · 1 reazione · Aperta il 6/2/2025
Load Visium HD generated without microscopy image Aperta

Difficoltà 3/5 1-2 giorni Idoneità per principianti 45/100

scverse/spatialdata-io#270 · 8 commenti · Aperta il 31/1/2025
Problem of reading dbit-seq image Aperta

Difficoltà 3/5 1-2 giorni Idoneità per principianti 35/100

scverse/spatialdata-io#267 · 1 commento · Aperta il 26/1/2025
failure to import spatialdata_io Aperta

Difficoltà 3/5 1-2 giorni Idoneità per principianti 35/100

scverse/spatialdata-io#263 · 1 commento · Aperta il 14/1/2025
z_index = 0 for polygons in MERSCOPE Aperta

Difficoltà 3/5 1-2 giorni Idoneità per principianti 35/100

scverse/spatialdata-io#256 · 3 commenti · Aperta il 5/1/2025
Change points to shapes for stereo-seq Aperta

Difficoltà 3/5 1-2 giorni Idoneità per principianti 35/100

scverse/spatialdata-io#253 · 12 commenti · Aperta il 3/1/2025
Selecting specific stains when reading merscope files into a sdata object. Aperta

Difficoltà 2/5 1-3 ore Idoneità per principianti 48/100

scverse/spatialdata-io#250 · 3 commenti · Aperta il 12/12/2024
In `.geojson` parsed, the index should be parsed from `.geojson` Aperta

Difficoltà 3/5 1-2 giorni Idoneità per principianti 45/100

scverse/spatialdata-io#249 · 2 commenti · 1 reazione · Aperta il 12/12/2024
Update MACSima reader when stitching is supported Aperta

Difficoltà 4/5 3-5 giorni Idoneità per principianti 25/100

scverse/spatialdata-io#243 · 1 commento · 1 reazione · Aperta il 27/11/2024
Xenium cell segmentation mask export requires coordinate flipping among y-axis Aperta

Difficoltà 4/5 3-5 giorni Idoneità per principianti 28/100

scverse/spatialdata-io#240 · 1 commento · Aperta il 18/11/2024
Missing tiles in Xenium H&E image Aperta

Difficoltà 4/5 3-5 giorni Idoneità per principianti 35/100

scverse/spatialdata-io#235 · 4 commenti · Aperta il 6/11/2024
Reduce readers' memory consumption Aperta

Difficoltà 5/5 Più di una settimana Idoneità per principianti 25/100

scverse/spatialdata-io#229 · 1 commento · Aperta il 28/10/2024
Remove dummy channel from `xenium` Aperta

xenium

Difficoltà 3/5 1-2 giorni Idoneità per principianti 35/100

scverse/spatialdata-io#226 · Aperta il 23/10/2024
We're storing spot locations as int64 (and maybe more) - should be sth smaller Aperta

Difficoltà 4/5 3-5 giorni Idoneità per principianti 25/100

scverse/spatialdata-io#220 · 3 commenti · Aperta il 10/10/2024
cosmx - ValueError: Affine matrix must be homogeneous. Aperta

Difficoltà 3/5 1-2 giorni Idoneità per principianti 35/100

scverse/spatialdata-io#213 · 7 commenti · Aperta il 2/10/2024

scverse/spatialdata-io

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