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Problem of reading dbit-seq image

Aperta
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Valutazione

Difficoltà
3/5
Tempo stimato
1-2 giorni
Idoneità per principianti
35/100
Tipo di issue
Bug
Chiarezza
Da chiarire
Stato di attività
Ferma
Stack tecnologico
python
Ambito
data

Direzione di ricerca

Inizia con sd.models.Image2DModel.parse e riproduci il ValueError segnalato usando la forma dell’immagine dbit-seq allegata, (2000, 2000). Determina se il parser debba accettare questo input o richiedere dimensioni diverse; il lavoro è completo quando l’immagine prevista può essere letta senza l’errore di dimensioni segnalato e il comportamento risolto è coperto dai test.

Scritto dal modello di indicizzazione a partire dal testo della issue.

Descrizione

Hi @LucaMarconato . Thanks for developing spatialdata-io, it is super helpful in processing spatial data. I wanted to use this package to process my dbit-seq data, but I had trouble reading the dbit-seq image with sd.models.Image2DModel.parse function. It said "ValueError: Wrong dims: ('y', 'x'). Expected ('c', 'y', 'x').". My image is (2000, 2000), and it seems that the Image2DModel doesn't work well with my data. Do you have any suggestions on this? Thanks very much!

Image

Lingua principale
Python
Stelle
103
Fork
64
Merge medio
1h 8m
PR unite (30g)
3

Preparare l'ambiente

Come iniziare

  1. Leggi tutta la issue e poi la guida ai contributi del progetto.
  2. Commenta sulla issue per dire che te ne occupi tu — evita che due persone facciano lo stesso lavoro.
  3. Fai un fork del repository e lavora su un branch.
  4. Apri una pull request che faccia riferimento al numero della issue.

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