Feature request: lazy parsing of the pyramidal OME-TIFF morphology focus in Xenium
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Valutazione
- Difficoltà
- 4/5
- Tempo stimato
- 3-5 giorni
- Idoneità per principianti
- 52/100
Direzione di ricerca
Inizia da spatialdata.models.Image2DModel.parse() e verifica come gestisce attualmente gli input DataArray. Poi segui il percorso Xenium morphology_focus in spatialdata-io e il punto di ingresso per il caricamento di OME-TIFF piramidali. Il lavoro è completo quando gli input DataTree sono supportati e morphology_focus può essere costruito pigramente a partire dai suoi scales e chunks senza richiedere un salvataggio e una ricarica.
Scritto dal modello di indicizzazione a partire dal testo della issue.
Descrizione
See context:
Saving and reloading is the general recommendation for
SpatialDataobjects coming fromspatialdata-io. Nevertheless there is more to say here. In the case ofXenium >= 2.x.xand themorphology_focusimage, we could actually take advantage of the pyramidal OME-TIFF format and construct the multiscale image directly from each scale and chunk (instead of lazily loading the large image and downscaling to a custom chunk size). This is currently not done as thespatialdata.models.Image2DModel.parse()method does not accept aDataTreeobject, but only aDataArray. If we extend this we can then also add this feature tospatialdata-io. Saving and reloading the object would still be preferable, but it would not be necessary for the case you reported.
Originally posted by @LucaMarconato in #1161
- Lingua principale
- Python
- Stelle
- 103
- Fork
- 64
- Metriche di merge delle PR
- Nessuna PR unita negli ultimi 30g
Preparare l'ambiente
- Nessun Dockerfile né file Docker Compose
- Nessun modello di pull request
- Leggi la guida per i contributori
Come iniziare
- Leggi tutta la issue e poi la guida ai contributi del progetto.
- Commenta sulla issue per dire che te ne occupi tu — evita che due persone facciano lo stesso lavoro.
- Fai un fork del repository e lavora su un branch.
- Apri una pull request che faccia riferimento al numero della issue.
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