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PyArrow OSError: Unexpected end of stream

Aperta
  • Qualcosa non va?
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Valutazione

Difficoltà
3/5
Tempo stimato
1-2 giorni
Idoneità per principianti
35/100
Tipo di issue
Bug
Chiarezza
Da chiarire
Stato di attività
Ferma
Stack tecnologico
pandas, python
Ambito
data, testing-qa

Direzione di ricerca

Riproduci il fallimento da tests/test_xenium.py:213 usando pyarrow 22.0.0 e analizza la lettura di parquet in src/spatialdata_io/readers/xenium.py, in particolare _get_tables_and_circles. Confronta l’esecuzione CI e la correzione correlata di spatialdata, quindi conferma che il test Xenium e CI passino con il comportamento risolto della dipendenza.

Scritto dal modello di indicizzazione a partire dal testo della issue.

Descrizione

Since the release of pyarrow 22.0.0 the CI started failing, with errors similar to the one below. Please note that the error doesn't seem to be spatialdata-related. Full CI run here.

tests/test_xenium.py:213: 
_ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ 
src/spatialdata_io/_utils.py:59: in wrapper
    return f(*args, **kwargs)
           ^^^^^^^^^^^^^^^^^^
src/spatialdata_io/readers/xenium.py:192: in xenium
    return_values = _get_tables_and_circles(path, cells_as_circles, specs, gex_only)
                    ^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^
src/spatialdata_io/readers/xenium.py:570: in _get_tables_and_circles
    metadata = pd.read_parquet(path / XeniumKeys.CELL_METADATA_FILE)
               ^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^
/opt/hostedtoolcache/Python/3.13.7/x64/lib/python3.13/site-packages/pandas/io/parquet.py:669: in read_parquet
    return impl.read(
/opt/hostedtoolcache/Python/3.13.7/x64/lib/python3.13/site-packages/pandas/io/parquet.py:265: in read
    pa_table = self.api.parquet.read_table(
/opt/hostedtoolcache/Python/3.13.7/x64/lib/python3.13/site-packages/pyarrow/parquet/core.py:1899: in read_table
    return dataset.read(columns=columns, use_threads=use_threads,
/opt/hostedtoolcache/Python/3.13.7/x64/lib/python3.13/site-packages/pyarrow/parquet/core.py:1538: in read
    table = self._dataset.to_table(
pyarrow/_dataset.pyx:589: in pyarrow._dataset.Dataset.to_table
    ???
pyarrow/_dataset.pyx:3969: in pyarrow._dataset.Scanner.to_table
    ???
pyarrow/error.pxi:155: in pyarrow.lib.pyarrow_internal_check_status
    ???
_ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ 

>   ???
E   OSError: Unexpected end of stream

pyarrow/error.pxi:92: OSError

The pyarrow release also broke some tests in spatialdata, but these have been already fixed here: https://github.com/scverse/spatialdata/pull/1003, and a release will be made soon.

Lingua principale
Python
Stelle
103
Fork
64
Nessuna PR unita negli ultimi 30g

Preparare l'ambiente

Come iniziare

  1. Leggi tutta la issue e poi la guida ai contributi del progetto.
  2. Commenta sulla issue per dire che te ne occupi tu — evita che due persone facciano lo stesso lavoro.
  3. Fai un fork del repository e lavora su un branch.
  4. Apri una pull request che faccia riferimento al numero della issue.

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