failure to import spatialdata_io
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Valutazione
- Difficoltà
- 3/5
- Tempo stimato
- 1-2 giorni
- Idoneità per principianti
- 35/100
Direzione di ricerca
Inizia da spatialdata_io/readers/xenium.py e dall’importazione non riuscita from xarray import DataArray, DataTree mostrata nel traceback. Controlla le versioni installate di xarray e spatialdata-io e l’ambiente del tutorial; il lavoro è concluso quando from spatialdata_io import xenium viene importato correttamente con l’installazione documentata.
Scritto dal modello di indicizzazione a partire dal testo della issue.
Descrizione
Hello, I am running one of the tutorials and I have installed both spatialdata and spatialdata_io packages, but there is an error importing spatialdata_io. Could you help? Thank you very much!
ImportError Traceback (most recent call last)
Cell In[9], line 2
1 import spatialdata as sd
----> 2 from spatialdata_io import xenium
4 import matplotlib.pyplot as plt
5 import seaborn as sns
File /opt/anaconda3/lib/python3.12/site-packages/spatialdata_io/init.py:14
12 from spatialdata_io.readers.visium import visium
13 from spatialdata_io.readers.visium_hd import visium_hd
---> 14 from spatialdata_io.readers.xenium import (
15 xenium,
16 xenium_aligned_image,
17 xenium_explorer_selection,
18 )
20 all = [
21 "curio",
22 "seqfish",
(...)
34 "visium_hd",
35 ]
37 version = version("spatialdata-io")
File /opt/anaconda3/lib/python3.12/site-packages/spatialdata_io/readers/xenium.py:40
32 from spatialdata.models import (
33 Image2DModel,
34 Labels2DModel,
(...)
37 TableModel,
38 )
39 from spatialdata.transformations.transformations import Affine, Identity, Scale
---> 40 from xarray import DataArray, DataTree
42 from spatialdata_io._constants._constants import XeniumKeys
43 from spatialdata_io._docs import inject_docs
ImportError: cannot import name 'DataTree' from 'xarray' (/opt/anaconda3/lib/python3.12/site-packages/xarray/init.py)
- Lingua principale
- Python
- Stelle
- 103
- Fork
- 65
- Merge medio
- 1h 8m
- PR unite (30g)
- 3
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