Error reading Xenium data: morphology file missing
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Valutazione
- Difficoltà
- 3/5
- Tempo stimato
- 1-2 giorni
- Idoneità per principianti
- 42/100
Direzione di ricerca
Inizia riproducendo il fallimento tramite spatialdata_io.xenium() con il dataset Xenium Onboard Analysis 4.0.0 descritto qui, quindi confronta il comportamento con l’issue #361. Traccia il modo in cui il reader individua l’immagine morfologica; il lavoro è completato quando un dataset contenente morphology.ome.tif può essere letto senza cercare morphology_mip.ome.tif.
Scritto dal modello di indicizzazione a partire dal testo della issue.
Descrizione
While trying to read Xenium data with spatialdata_io.xenium(), I get the following error:
The file "path/to/xenium/data/morphology_mip.ome.tif" does not exist.
Inspecting the folder shows that the file is actually named:
morphology.ome.tif
The dataset and software versions are the same as in issue #361:
spatialdata_ioversion: 0.6.0- Xenium platform: Xenium Onboard Analysis 4.0.0
- Lingua principale
- Python
- Stelle
- 103
- Fork
- 64
- Metriche di merge delle PR
- Nessuna PR unita negli ultimi 30g
Preparare l'ambiente
- Nessun Dockerfile né file Docker Compose
- Nessun modello di pull request
- Leggi la guida per i contributori
Come iniziare
- Leggi tutta la issue e poi la guida ai contributi del progetto.
- Commenta sulla issue per dire che te ne occupi tu — evita che due persone facciano lo stesso lavoro.
- Fai un fork del repository e lavora su un branch.
- Apri una pull request che faccia riferimento al numero della issue.
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