Read `cell_feature_matrix` in market format
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Valutazione
- Difficoltà
- 4/5
- Tempo stimato
- 3-5 giorni
- Idoneità per principianti
- 35/100
- Tipo di issue
- Funzionalità
- Chiarezza
- Abbastanza chiara
- Stato di attività
- Ferma
- Stack tecnologico
- python
- Ambito
- bioinformatics
Direzione di ricerca
Inizia dal punto di ingresso io.xenium e verifica come legge attualmente cell_feature_matrix. Confronta questo percorso con il workaround scanpy read_10x_mtx e l’assegnazione a sdata.tables['mydata']. Il lavoro è completo quando i dati Xenium in formato market possono essere caricati tramite il reader senza perdere le informazioni attualmente mancanti nel workaround.
Scritto dal modello di indicizzazione a partire dal testo della issue.
Descrizione
Some Xenium datasets deposited in GEO lack h5 file format and instead decided to upload market format. For example: https://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSM8253804
Of course it is possible to ask the authors to update the record. But maybe it is useful and better for other cases like this to add the ability to read the file in market format? Perhaps also then it is possible to add support for zarr in case someone decides to upload that one instead?
For now, I have tried to workaround this but the only solution was to avoid reading the AnnData entirely, read the file with scanpy and then assign it to sadata.tables. Following this code:
sdata = io.xenium(".", cells_table=False, cells_as_circles=False, cells_boundaries=False, nucleus_boundaries=False)
adata = sc.read_10x_mtx("cell_feature_matrix")
sdata.tables["mydata"] = adata
But of course this causes a lot of information to be missing and this may cause other problems. Is there any other way to work around this issue?
- Lingua principale
- Python
- Stelle
- 103
- Fork
- 64
- Metriche di merge delle PR
- Nessuna PR unita negli ultimi 30g
Preparare l'ambiente
- Nessun Dockerfile né file Docker Compose
- Nessun modello di pull request
- Leggi la guida per i contributori
Come iniziare
- Leggi tutta la issue e poi la guida ai contributi del progetto.
- Commenta sulla issue per dire che te ne occupi tu — evita che due persone facciano lo stesso lavoro.
- Fai un fork del repository e lavora su un branch.
- Apri una pull request che faccia riferimento al numero della issue.
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