How to read BGI's STOmics spatial transcriptomics data?
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Valutazione
- Difficoltà
- 4/5
- Tempo stimato
- 3-5 giorni
- Idoneità per principianti
- 30/100
- Tipo di issue
- Documentazione
- Chiarezza
- Da chiarire
- Stato di attività
- Ferma
- Stack tecnologico
- python
- Ambito
- bioinformatics
Direzione di ricerca
Inizia dal punto di ingresso spatialdata_io.stereoseq e traccia il motivo per cui cell.cluster.h5ad è richiesto. Confronta questo requisito con l’output di conteggio SAW e l’input STOmics descritti nell’issue. Il lavoro è completato quando sono documentati la struttura delle cartelle prevista, i file di dati richiesti e se è supportato il solo output di conteggio SAW.
Scritto dal modello di indicizzazione a partire dal testo della issue.
Descrizione
From user Jack on Zulip:
Does anyone know how to use spatialdata_io.stereoseq to read BGI's STOmics spatial transcriptomics data? Why is cell.cluster.h5ad required? The count output from SAW doesn't include this file. It seems that this file can only be obtained by continuing to use subsequent steps in SAW. Is it possible to only use the SAW count output? What does the standard input folder structure look like, and which data files should it include?
- Lingua principale
- Python
- Stelle
- 103
- Fork
- 64
- Metriche di merge delle PR
- Nessuna PR unita negli ultimi 30g
Preparare l'ambiente
- Nessun Dockerfile né file Docker Compose
- Nessun modello di pull request
- Leggi la guida per i contributori
Come iniziare
- Leggi tutta la issue e poi la guida ai contributi del progetto.
- Commenta sulla issue per dire che te ne occupi tu — evita che due persone facciano lo stesso lavoro.
- Fai un fork del repository e lavora su un branch.
- Apri una pull request che faccia riferimento al numero della issue.
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