Add Xenium Explorer GeoJSON import
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Valutazione
- Difficoltà
- 4/5
- Tempo stimato
- 3-5 giorni
- Idoneità per principianti
- 35/100
- Tipo di issue
- Funzionalità
- Chiarezza
- Abbastanza chiara
- Stato di attività
- Ferma
- Stack tecnologico
- python
- Ambito
- bioinformatics
Direzione di ricerca
Il punto di ingresso esistente è spatialdata_io.xenium_explorer_selection; inizia da lì e confrontalo con lo script di supporto menzionato nell’issue. Il lavoro è completato quando un loader GeoJSON analizza poligoni denominati in shapes, preserva nomi e colori e associa le cellule selezionate nella tabella.
Scritto dal modello di indicizzazione a partire dal testo della issue.
Descrizione
Problem
Xenium Explorer can export selections as CSV of coordinates or GeoJSON. If the selection area is large, it will refuse to export CSV. CSV is also less compatible with packages like GeoPandas.
Proposed solution
I'd like a spatialdata_io loader similar to spatialdata_io.xenium_explorer_selection. Ideally, I would like it to be able to parse the polygon(s) and store them in the shapes and the cells within the selection in the table. If there are multiple named polygons in the GeoJSON, I would like the names/colours to be preserved. This is biologically very useful, for example in a scenario where multiple tissue sections have been profiles as part of one Xenium 'area'/one output file.
Alternatives
spatialdata_io.xenium_explorer_selection and using CSV of the polygon is the alternative.
I've written a helper script to do this for the dataset I'm working on, perhaps it could be made into a PR with a new function with a little help @LucaMarconato 😊
- Lingua principale
- Python
- Stelle
- 103
- Fork
- 64
- Merge medio
- 1h 8m
- PR unite (30g)
- 3
Preparare l'ambiente
- Nessun Dockerfile né file Docker Compose
- Nessun modello di pull request
- Leggi la guida per i contributori
Come iniziare
- Leggi tutta la issue e poi la guida ai contributi del progetto.
- Commenta sulla issue per dire che te ne occupi tu — evita che due persone facciano lo stesso lavoro.
- Fai un fork del repository e lavora su un branch.
- Apri una pull request che faccia riferimento al numero della issue.
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