`xenium` fails on imported segmentation
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Valutazione
- Difficoltà
- 3/5
- Tempo stimato
- 1-2 giorni
- Idoneità per principianti
- 52/100
Direzione di ricerca
Inizia da src/spatialdata_io/readers/xenium.py, intorno alla riga 232, e verifica in che modo il reader xenium seleziona le maschere di segmentazione. Riproduci il fallimento con una segmentazione importata tramite xeniumranger import-segmentation, quindi determina se il rilevamento automatico o un argomento mask-index si adatta meglio all’issue. Il lavoro è completato quando le segmentazioni importate con maschere non standard non falliscono più.
Scritto dal modello di indicizzazione a partire dal testo della issue.
Descrizione
The xenium function assumes there are two masks corresponding to nuclear and cell boundaries, which is true of xenium segmentation, but this not necessarily true when 3rd party segmentation is imported using the xeniumranger import-segmentation tool.
Issue is here: https://github.com/scverse/spatialdata-io/blob/58b2f5d73420d4a082f1953c0cde142907dcbaa0/src/spatialdata_io/readers/xenium.py#L232
If not detecting this case automatically, there should be at least a function argument to point it to the correct mask index.
- Lingua principale
- Python
- Stelle
- 103
- Fork
- 64
- Metriche di merge delle PR
- Nessuna PR unita negli ultimi 30g
Preparare l'ambiente
- Nessun Dockerfile né file Docker Compose
- Nessun modello di pull request
- Leggi la guida per i contributori
Come iniziare
- Leggi tutta la issue e poi la guida ai contributi del progetto.
- Commenta sulla issue per dire che te ne occupi tu — evita che due persone facciano lo stesso lavoro.
- Fai un fork del repository e lavora su un branch.
- Apri una pull request che faccia riferimento al numero della issue.
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