visium_hd reader: load_segmentations_only = False still loads segmentation results
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Valutazione
- Difficoltà
- 3/5
- Tempo stimato
- 1-2 giorni
- Idoneità per principianti
- 45/100
Direzione di ricerca
Inizia dal reader visium_hd() e segui come load_segmentations_only controlla il caricamento dei risultati della segmentazione e dei dati raggruppati in bin. Confronta l’implementazione con il comportamento documentato, quindi definisci come il reader dovrebbe rappresentare il caricamento dei dati raggruppati in bin, delle segmentazioni o di entrambi, e verifica ogni opzione supportata.
Scritto dal modello di indicizzazione a partire dal testo della issue.
Descrizione
Hi, I am on spatialdata-io 0.5.1 and I noticed that for the visium_hd() reader, the load_segmentations_only=False does not strictly replicate legacy behavior.
The docstring states:
load_segmentations_only
If `True`, only the segmented cell boundaries and their associated counts will be loaded. All binned data
will be skipped. If `False`, only the binned data will be loaded (which is consistent with legacy behavior).
If `None` (default), it will be equivalent to `False`, but a deprecation warning will be raised to inform users that
in future releases the default value will be changed to `True`. To avoid the warning, explicitly set this parameter to
`False` or `True`.
However, regardles of whether load_segmentations_only is True or False, segmentation results are loaded if present. load_segmentations_only currently only seems to have an effect on whether the binned data is loaded or not.
I think the desired behavior would indeed be that the users has a choice of whether to load the binned data, the segmentation results or both. Note that even if the reader behaved as stated in the docstring, this would then not give you the option of reading in both.
Thanks!
- Lingua principale
- Python
- Stelle
- 103
- Fork
- 64
- Metriche di merge delle PR
- Nessuna PR unita negli ultimi 30g
Preparare l'ambiente
- Nessun Dockerfile né file Docker Compose
- Nessun modello di pull request
- Leggi la guida per i contributori
Come iniziare
- Leggi tutta la issue e poi la guida ai contributi del progetto.
- Commenta sulla issue per dire che te ne occupi tu — evita che due persone facciano lo stesso lavoro.
- Fai un fork del repository e lavora su un branch.
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