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Xenium Fails to read third party segmentation

Aperta
  • Qualcosa non va?
#402 1 commento 3 reazioni 0 assegnatari Vedi su GitHub

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Valutazione

Difficoltà
3/5
Tempo stimato
1-2 giorni
Idoneità per principianti
48/100
Tipo di issue
Bug
Chiarezza
Abbastanza chiara
Stato di attività
Tranquilla
Stack tecnologico
python
Ambito
data

Direzione di ricerca

Inizia dal punto di ingresso spatialdata_io.xenium() e riproduci il problema con un dataset importato da Proseg contenente una sola maschera di segmentazione. Traccia la gestione di cells_labels e nucleus_boundaries, quindi verifica che i dataset supportati con una singola maschera vengano caricati correttamente senza compromettere le strutture Xenium standard.

Scritto dal modello di indicizzazione a partire dal testo della issue.

Descrizione

bug xenium

spatialdata_io.xenium() assumes the dataset contains both nucleus and cell segmentation masks as in the standard Xenium structure. E.g. Proseg-imported segmentation only contains a single segmentation mask and therefore cant be loaded properly. Also setting

cells_labels=False
nucleus_boundaries=False

does not solve the issue.

Lingua principale
Python
Stelle
103
Fork
64
Merge medio
1h 8m
PR unite (30g)
3

Preparare l'ambiente

Come iniziare

  1. Leggi tutta la issue e poi la guida ai contributi del progetto.
  2. Commenta sulla issue per dire che te ne occupi tu — evita che due persone facciano lo stesso lavoro.
  3. Fai un fork del repository e lavora su un branch.
  4. Apri una pull request che faccia riferimento al numero della issue.

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