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scverse

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Single-cell analysis in Python. Scales to >100M cells.

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Deep probabilistic analysis of single-cell and spatial omics data

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🧬 gget enables efficient querying of genomic reference databases

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Adatte ai principianti Tutto

Aperta Tutte

Document that spatial queries on MultiPolygon keep also the components outside the queried region Aperta

docs 📜 element: shapes ▲ method: query priority: low

Difficoltà 3/5 1-2 giorni Idoneità per principianti 72/100

scverse/spatialdata#1255 · Aperta il 21/9/2026
get_matrix reads a whole backed matrix by fancy index, and copies it again to restore an order it never lost Aperta

Difficoltà 3/5 1-2 giorni Idoneità per principianti 84/100

scverse/mantispy#114 · Aperta il 21/9/2026
reduce_grouped's backed path rescans the group codes for every group Aperta

Difficoltà 2/5 1-3 ore Idoneità per principianti 88/100

scverse/mantispy#113 · Aperta il 21/9/2026
The resolution advisory is silent on an unstamped object, where it is most needed Aperta

Difficoltà 3/5 1-2 giorni Idoneità per principianti 62/100

scverse/mantispy#111 · Aperta il 21/9/2026
No way to name a learned embedding's axes from a named feature block on the same wells Aperta

Difficoltà 4/5 3-5 giorni Idoneità per principianti 68/100

scverse/mantispy#110 · Aperta il 21/9/2026
noise_removal's stdev_cutoff cannot be used with the normalization the package recommends Aperta

Difficoltà 5/5 Più di una settimana Idoneità per principianti 45/100

scverse/mantispy#109 · Aperta il 21/9/2026
Integration Testing CI Test Failure on python 3.14 with prerelease dependencies Aperta

Difficoltà 3/5 1-2 giorni Idoneità per principianti 42/100

scverse/mudata#200 · Aperta il 21/9/2026
tl.consensus and tl.aggregate drop obsm, so a corrected embedding cannot be reduced Aperta

Difficoltà 3/5 1-2 giorni Idoneità per principianti 68/100

scverse/mantispy#105 · Aperta il 20/9/2026
The schema requires CellProfiler var columns of every object, including those with no such features Aperta

Difficoltà 4/5 3-5 giorni Idoneità per principianti 48/100

scverse/mantispy#104 · Aperta il 20/9/2026
tl.feature_signature returns an object io.validate rejects Aperta

bug

Difficoltà 2/5 1-3 ore Idoneità per principianti 88/100

scverse/mantispy#103 · Aperta il 20/9/2026
Nothing in the repository regenerates registry.yaml Aperta

Difficoltà 4/5 3-5 giorni Idoneità per principianti 58/100

scverse/mantispy#96 · Aperta il 20/9/2026
The CI data cache has no size budget, and the 10 GB limit fails quietly Aperta

Difficoltà 2/5 1-3 ore Idoneità per principianti 88/100

scverse/mantispy#95 · Aperta il 20/9/2026
jump_target2 cannot be asked for a plate from particular sources Aperta

Difficoltà 5/5 Più di una settimana Idoneità per principianti 35/100

scverse/mantispy#94 · Aperta il 20/9/2026
Multi-plate profiles are read one file at a time Aperta

Difficoltà 2/5 1-3 ore Idoneità per principianti 78/100

scverse/mantispy#93 · Aperta il 20/9/2026
import mantispy parses the whole dataset registry, even when no dataset is loaded Aperta

Difficoltà 3/5 1-2 giorni Idoneità per principianti 72/100

scverse/mantispy#92 · Aperta il 20/9/2026
composition_dispersion is not a reserved uns name, and hit_calling's Raises is out of date Aperta

Difficoltà 2/5 1-3 ore Idoneità per principianti 84/100

scverse/mantispy#91 · Aperta il 20/9/2026
hitcall is not checked numerically against tcplfit2 Aperta

Difficoltà 4/5 3-5 giorni Idoneità per principianti 68/100

scverse/mantispy#90 · Aperta il 20/9/2026
cluster_composition's raw p-values stay anti-conservative after the dispersion correction Aperta

Difficoltà 4/5 3-5 giorni Idoneità per principianti 42/100

scverse/mantispy#89 · Aperta il 20/9/2026
The OASIS plate-map join duplicates _join_platemap and loses its validation Aperta

Difficoltà 4/5 3-5 giorni Idoneità per principianti 35/100

scverse/mantispy#86 · Aperta il 20/9/2026
Some bugs I found while reviewing a PR Aperta

bug

Difficoltà 4/5 3-5 giorni Idoneità per principianti 35/100

scverse/annbatch#278 · Aperta il 19/9/2026
Why does fau need to know about numba internals for thread layer Aperta

Difficoltà 5/5 Più di una settimana Idoneità per principianti 30/100

scverse/fast-array-utils#215 · 1 commento · Aperta il 18/9/2026
Document each shipped dataset: derived columns, stats, and the scripts that rebuild it Aperta

documentation

Difficoltà 4/5 Più di una settimana Idoneità per principianti 45/100

scverse/mantispy#74 · Aperta il 18/9/2026
Cell-resolution tests treat cells within a well as independent replicates Aperta

Difficoltà 5/5 Più di una settimana Idoneità per principianti 35/100

scverse/mantispy#68 · Aperta il 18/9/2026
Cross-fit the hit-calling covariance instead of splitting the controls in half Aperta

enhancement

Difficoltà 5/5 Più di una settimana Idoneità per principianti 30/100

scverse/mantispy#64 · Aperta il 18/9/2026
read_export cannot link objects that share a child instead of a parent Aperta

enhancement

Difficoltà 4/5 3-5 giorni Idoneità per principianti 64/100

scverse/mantispy#61 · Aperta il 18/9/2026
Add an iLISI and silhouette equivalence test against scib-metrics Aperta

Difficoltà 3/5 1-2 giorni Idoneità per principianti 72/100

scverse/mantispy#53 · Aperta il 17/9/2026
Migrate pp.harmony to scanpy's core harmony_integrate once 1.13 is stable Aperta

Difficoltà 4/5 3-5 giorni Idoneità per principianti 45/100

scverse/mantispy#52 · Aperta il 17/9/2026
Add cross-reference roles, admonitions and a standard page header Aperta

documentation

Difficoltà 4/5 3-5 giorni Idoneità per principianti 48/100

scverse/mantispy#48 · Aperta il 17/9/2026
Raise figure density in the tutorials Aperta

documentation

Difficoltà 4/5 3-5 giorni Idoneità per principianti 45/100

scverse/mantispy#47 · Aperta il 17/9/2026
Replace dict-literal result cells in the tutorials Aperta

documentation

Difficoltà 4/5 3-5 giorni Idoneità per principianti 65/100

scverse/mantispy#46 · Aperta il 17/9/2026
Split documentation into Tutorials, Examples and Pitfalls Aperta

documentation

Difficoltà 5/5 Più di una settimana Idoneità per principianti 30/100

scverse/mantispy#45 · Aperta il 17/9/2026
Tutorial index is a bare toctree; landing page is the README Aperta

documentation

Difficoltà 4/5 3-5 giorni Idoneità per principianti 45/100

scverse/mantispy#43 · Aperta il 17/9/2026
Tutorial prose refers to warnings the docs build strips Aperta

documentation

Difficoltà 4/5 3-5 giorni Idoneità per principianti 68/100

scverse/mantispy#42 · Aperta il 17/9/2026
Private symbols are imported in the published tutorials Aperta

enhancement

Difficoltà 4/5 3-5 giorni Idoneità per principianti 65/100

scverse/mantispy#38 · Aperta il 17/9/2026
Publish to PyPI and submit to scverse ecosystem-packages Aperta

enhancement

Difficoltà 4/5 3-5 giorni Idoneità per principianti 58/100

scverse/mantispy#36 · Aperta il 17/9/2026
More `jit` options, specifically `nogil=True` on the serial kernels Aperta

Difficoltà 3/5 1-2 giorni Idoneità per principianti 65/100

scverse/fast-array-utils#213 · 4 commenti · Aperta il 17/9/2026
`highly_variable_genes` with `batch_key` and `subset=True` keeps the wrong genes when `n_top_genes` is not set Aperta

Difficoltà 2/5 1-3 ore Idoneità per principianti 84/100

scverse/scanpy#4370 · Aperta il 17/9/2026
TOTALVI.get_normalized_expression omits learned protein capture efficiency Aperta

bug

Difficoltà 3/5 1-2 giorni Idoneità per principianti 74/100

scverse/scvi-tools#4022 · Aperta il 16/9/2026
Visium HD: empty `dataset_id` default produces an unnamed coordinate system that napari-spatialdata can't select Aperta

bug

Difficoltà 3/5 1-2 giorni Idoneità per principianti 58/100

scverse/spatialdata-io#422 · Aperta il 16/9/2026
Outline color palette is ignored in `render_shapes` if no color is passed Aperta

bug

Difficoltà 3/5 1-2 giorni Idoneità per principianti 68/100

scverse/spatialdata-plot#777 · Aperta il 16/9/2026
Integration Testing CI Test Failure on python 3.12 Aperta

Difficoltà 3/5 1-2 giorni Idoneità per principianti 35/100

scverse/SnapATAC2#501 · Aperta il 16/9/2026
Bugs and problems in calculate_niche and in unreleased main. Aperta

Difficoltà 5/5 Più di una settimana Idoneità per principianti 25/100

scverse/squidpy#1293 · Aperta il 15/9/2026
Group modules in TOC Aperta

scverse/mantispy#27 · 1 assegnatario · Aperta il 14/9/2026
Use new annbatch/pertpy/etc doc style Aperta

scverse/mantispy#23 · 1 commento · 1 assegnatario · Aperta il 14/9/2026
Add logo Aperta

scverse/mantispy#22 · 1 assegnatario · Aperta il 14/9/2026
Large Cell Painting Gallery accessions in mantispy.ds Aperta

Difficoltà 4/5 3-5 giorni Idoneità per principianti 52/100

scverse/mantispy#21 · Aperta il 14/9/2026
pycytominer equivalence suite Aperta

Difficoltà 4/5 3-5 giorni Idoneità per principianti 55/100

scverse/mantispy#19 · 1 commento · Aperta il 14/9/2026
Evaluation metrics Aperta

Difficoltà 4/5 3-5 giorni Idoneità per principianti 45/100

scverse/mantispy#18 · 1 commento · Aperta il 14/9/2026
Feature selection and outlier detection Aperta

Difficoltà 5/5 Più di una settimana Idoneità per principianti 35/100

scverse/mantispy#16 · Aperta il 14/9/2026
Sphering and batch correction Aperta

Difficoltà 4/5 3-5 giorni Idoneità per principianti 52/100

scverse/mantispy#17 · Aperta il 14/9/2026

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