Missing tiles in Xenium H&E image
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Valutazione
- Difficoltà
- 4/5
- Tempo stimato
- 3-5 giorni
- Idoneità per principianti
- 35/100
Direzione di ricerca
Riproduci il problema eseguendo xenium() con i parametri predefiniti sul dataset 10x Genomics collegato, quindi traccia la sua immagine H&E con spatialdata-plot. Confronta il risultato con il .ome.tif originale in QuPath e analizza perché mancano le stesse tile; il lavoro è completato quando l’immagine tracciata contiene tutte le tile sorgente.
Scritto dal modello di indicizzazione a partire dal testo della issue.
Descrizione
I ran xenium() with default parameters on official data from 10x Genomics (such as https://www.10xgenomics.com/datasets/ffpe-human-breast-with-custom-add-on-panel-1-standard).
However, I noticed that when I plotted the H&E image using the spatialdata-plot package, there were some missing tiles, as shown in the following image:
The missing tiles are always the same if I run xenium() multiple times, so it doesn't look like a random drop.
I checked the original .ome.tif image in QuPath and there are no missing tiles.
Packages version:
spatialdata = 0.2.5spatialdata-io = 0.1.5spatialdata-plot = 0.2.7
- Lingua principale
- Python
- Stelle
- 103
- Fork
- 64
- Metriche di merge delle PR
- Nessuna PR unita negli ultimi 30g
Preparare l'ambiente
- Nessun Dockerfile né file Docker Compose
- Nessun modello di pull request
- Leggi la guida per i contributori
Come iniziare
- Leggi tutta la issue e poi la guida ai contributi del progetto.
- Commenta sulla issue per dire che te ne occupi tu — evita che due persone facciano lo stesso lavoro.
- Fai un fork del repository e lavora su un branch.
- Apri una pull request che faccia riferimento al numero della issue.
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