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Add `dataset_id` prefix to tables in Visium HD

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Valutazione

Difficoltà
3/5
Tempo stimato
1-2 giorni
Idoneità per principianti
45/100
Tipo di issue
Funzionalità
Chiarezza
Abbastanza chiara
Stato di attività
Ferma
Stack tecnologico
python
Ambito
data

Direzione di ricerca

Inizia individuando il codice del reader Visium HD che crea le voci Tables e confronta la relativa denominazione con Images e Shapes mostrati nell’issue. Il lavoro è completato quando i nomi delle Tables di Visium HD includono il prefisso dataset_id, corrispondono agli altri elementi ed evitano nomi di Tables duplicati quando gli oggetti SpatialData vengono concatenati.

Scritto dal modello di indicizzazione a partire dal testo della issue.

Descrizione

visium-hd

Thanks for the clarification. That makes sense.

One small detail. Should not the elements in Tables be renamed as well? Right now they are not (see above). If I try to concatenate two visium_hd SpatialData objects I get a warning about identical names and they are given unique names which are not ideal because do not follow the original patterns, making it harder to know which ones came from where.

>> sdata1
SpatialData object
├── Images
│     ├── 'HM_hires_image': DataArray[cyx] (3, 5057, 6000)
│     └── 'HM_lowres_image': DataArray[cyx] (3, 506, 600)
├── Shapes
│     ├── 'HM_square_002um': GeoDataFrame shape: (2942291, 1) (2D shapes)
│     ├── 'HM_square_008um': GeoDataFrame shape: (187571, 1) (2D shapes)
│     └── 'HM_square_016um': GeoDataFrame shape: (48206, 1) (2D shapes)
└── Tables
      ├── 'square_002um': AnnData (2942291, 18085)
      ├── 'square_008um': AnnData (187571, 18085)
      └── 'square_016um': AnnData (48206, 18085)
with coordinate systems:
    ▸ 'downscaled_hires', with elements:
        HM_hires_image (Images), HM_square_002um (Shapes), HM_square_008um (Shapes), HM_square_016um (Shapes)
    ▸ 'downscaled_lowres', with elements:
        HM_lowres_image (Images), HM_square_002um (Shapes), HM_square_008um (Shapes), HM_square_016um (Shapes)
    ▸ 'global', with elements:
        HM_hires_image (Images), HM_lowres_image (Images), HM_square_002um (Shapes), HM_square_008um (Shapes), HM_square_016um (Shapes)
>> sdata2
SpatialData object
├── Images
│     ├── 'RS_hires_image': DataArray[cyx] (3, 6000, 5163)
│     └── 'RS_lowres_image': DataArray[cyx] (3, 600, 517)
├── Shapes
│     ├── 'RS_square_002um': GeoDataFrame shape: (2493008, 1) (2D shapes)
│     ├── 'RS_square_008um': GeoDataFrame shape: (160049, 1) (2D shapes)
│     └── 'RS_square_016um': GeoDataFrame shape: (41439, 1) (2D shapes)
└── Tables
      ├── 'square_002um': AnnData (2493008, 18085)
      ├── 'square_008um': AnnData (160049, 18085)
      └── 'square_016um': AnnData (41439, 18085)
with coordinate systems:
    ▸ 'downscaled_hires', with elements:
        RS_hires_image (Images), RS_square_002um (Shapes), RS_square_008um (Shapes), RS_square_016um (Shapes)
    ▸ 'downscaled_lowres', with elements:
        RS_lowres_image (Images), RS_square_002um (Shapes), RS_square_008um (Shapes), RS_square_016um (Shapes)
    ▸ 'global', with elements:
        RS_hires_image (Images), RS_lowres_image (Images), RS_square_002um (Shapes), RS_square_008um (Shapes), RS_square_016um (Shapes)
>> sd.concatenate([sdata1, sdata2])
<stdin>:1: UserWarning: Duplicate table names found. Tables will be added with integer suffix. Set `concatenate_tables` to `True` if concatenation is wished for instead.
SpatialData object
├── Images
│     ├── 'HM_hires_image': DataArray[cyx] (3, 5057, 6000)
│     ├── 'HM_lowres_image': DataArray[cyx] (3, 506, 600)
│     ├── 'RS_hires_image': DataArray[cyx] (3, 6000, 5163)
│     └── 'RS_lowres_image': DataArray[cyx] (3, 600, 517)
├── Shapes
│     ├── 'HM_square_002um': GeoDataFrame shape: (2942291, 1) (2D shapes)
│     ├── 'HM_square_008um': GeoDataFrame shape: (187571, 1) (2D shapes)
│     ├── 'HM_square_016um': GeoDataFrame shape: (48206, 1) (2D shapes)
│     ├── 'RS_square_002um': GeoDataFrame shape: (2493008, 1) (2D shapes)
│     ├── 'RS_square_008um': GeoDataFrame shape: (160049, 1) (2D shapes)
│     └── 'RS_square_016um': GeoDataFrame shape: (41439, 1) (2D shapes)
└── Tables
      ├── 'square_002um_0': AnnData (2942291, 18085)
      ├── 'square_002um_1': AnnData (2493008, 18085)
      ├── 'square_008um_0': AnnData (187571, 18085)
      ├── 'square_008um_1': AnnData (160049, 18085)
      ├── 'square_016um_0': AnnData (48206, 18085)
      └── 'square_016um_1': AnnData (41439, 18085)
with coordinate systems:
    ▸ 'downscaled_hires', with elements:
        HM_hires_image (Images), RS_hires_image (Images), HM_square_002um (Shapes), HM_square_008um (Shapes), HM_square_016um (Shapes), RS_square_002um (Shapes), RS_square_008um (Shapes), RS_square_016um (Shapes)
    ▸ 'downscaled_lowres', with elements:
        HM_lowres_image (Images), RS_lowres_image (Images), HM_square_002um (Shapes), HM_square_008um (Shapes), HM_square_016um (Shapes), RS_square_002um (Shapes), RS_square_008um (Shapes), RS_square_016um (Shapes)
    ▸ 'global', with elements:
        HM_hires_image (Images), HM_lowres_image (Images), RS_hires_image (Images), RS_lowres_image (Images), HM_square_002um (Shapes), HM_square_008um (Shapes), HM_square_016um (Shapes), RS_square_002um (Shapes), RS_square_008um (Shapes), RS_square_016um (Shapes)

Originally posted by @ddiez in #212

Lingua principale
Python
Stelle
103
Fork
64
Nessuna PR unita negli ultimi 30g

Preparare l'ambiente

Come iniziare

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