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VisiumHD: load scalefactor microns_per_pixel in anndata

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Valutazione

Difficoltà
3/5
Tempo stimato
1-2 giorni
Idoneità per principianti
35/100
Tipo di issue
Funzionalità
Chiarezza
Abbastanza chiara
Stato di attività
Ferma
Stack tecnologico
python
Ambito
data

Direzione di ricerca

Inizia con il reader VisiumHD e analizza come i metadati delle immagini vengono attualmente analizzati e rappresentati in AnnData. Identifica l’origine del valore dei micrometri per pixel, memorizzalo in AnnData e verifica che il caricamento di VisiumHD preservi il valore per la segmentazione downstream.

Scritto dal modello di indicizzazione a partire dal testo della issue.

Descrizione

Hello,
Segmentation of nuclei on VisiumHD H&E image might require (at least for StarDist segmentation model) to have the micron per pixel information (since pre trained models can be trained on H&E images with different micron per pixel ratio, it is sometimes needed to rescale the image).
Could it be possibe for the visiumHD reader to parse this info and store it somewhere in the Anndata ? Thank you very much !
Alexis

Lingua principale
Python
Stelle
103
Fork
65
Merge medio
1h 8m
PR unite (30g)
3

Preparare l'ambiente

Come iniziare

  1. Leggi tutta la issue e poi la guida ai contributi del progetto.
  2. Commenta sulla issue per dire che te ne occupi tu — evita che due persone facciano lo stesso lavoro.
  3. Fai un fork del repository e lavora su un branch.
  4. Apri una pull request che faccia riferimento al numero della issue.

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