Visium in matrix market format
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Valutazione
- Difficoltà
- 3/5
- Tempo stimato
- 1-2 giorni
- Idoneità per principianti
- 52/100
- Tipo di issue
- Funzionalità
- Chiarezza
- Abbastanza chiara
- Stato di attività
- Tranquilla
- Stack tecnologico
- python
- Ambito
- bioinformatics, data
Direzione di ricerca
Inizia esaminando l'issue correlata #287 e i reader esistenti del repository per gli input Visium o in stile 10x. Confronta il modo in cui vengono gestiti barcodes.tsv.gz, matrix.mtx e features.tsv.gz, quindi definisci il completamento come il riconoscimento e la lettura corretta del formato matrix market descritto con una copertura adeguata.
Scritto dal modello di indicizzazione a partire dal testo della issue.
Descrizione
Probably tangentially related to #287 , however this is also a semi common issue for visium data. For example, the entire WUSTL pancreatic cancer cohort from the human tumor atlas cohort provides their data in the matrix market format. It seems similar to the format where there is a barcodes.tsv.gz, matrix.mtx, and features.tsv.gz in some older 10x single cell datasets. Would it be worth adding a function to recognize this format and read it?
- Lingua principale
- Python
- Stelle
- 103
- Fork
- 64
- Metriche di merge delle PR
- Nessuna PR unita negli ultimi 30g
Preparare l'ambiente
- Nessun Dockerfile né file Docker Compose
- Nessun modello di pull request
- Leggi la guida per i contributori
Come iniziare
- Leggi tutta la issue e poi la guida ai contributi del progetto.
- Commenta sulla issue per dire che te ne occupi tu — evita che due persone facciano lo stesso lavoro.
- Fai un fork del repository e lavora su un branch.
- Apri una pull request che faccia riferimento al numero della issue.
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