Use `scanpy` for reading matrixes
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Valutazione
- Difficoltà
- 2/5
- Tempo stimato
- 1-3 ore
- Idoneità per principianti
- 55/100
Direzione di ricerca
Inizia da src/spatialdata_io/readers/_utils/_read_10x_h5.py e confronta la sua implementazione personalizzata per la lettura delle matrici con la funzionalità corrispondente di scanpy. Sostituisci l’implementazione copiata con l’uso diretto della dipendenza scanpy esistente; il lavoro è completato quando il codice personalizzato è stato rimosso e la lettura delle matrici continua a funzionare come prima.
Scritto dal modello di indicizzazione a partire dal testo della issue.
Descrizione
We currently have a the custom implementation for reading matrices (copied from scanpy) in https://github.com/scverse/spatialdata-io/blob/main/src/spatialdata_io/readers/_utils/_read_10x_h5.py.
I would remove that code and use directly scanpy, which is already a dependency. I think initially the code was copied to minimize the number of dependencies (@giovp what this the case?) but then we chose to add scanpy anyway.
- Lingua principale
- Python
- Stelle
- 103
- Fork
- 64
- Metriche di merge delle PR
- Nessuna PR unita negli ultimi 30g
Preparare l'ambiente
- Nessun Dockerfile né file Docker Compose
- Nessun modello di pull request
- Leggi la guida per i contributori
Come iniziare
- Leggi tutta la issue e poi la guida ai contributi del progetto.
- Commenta sulla issue per dire che te ne occupi tu — evita che due persone facciano lo stesso lavoro.
- Fai un fork del repository e lavora su un branch.
- Apri una pull request che faccia riferimento al numero della issue.
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