CosMx Reader Incorrectly Assumes Image Dimension Order
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Valutazione
- Difficoltà
- 3/5
- Tempo stimato
- 1-2 giorni
- Idoneità per principianti
- 55/100
- Tipo di issue
- Bug
- Chiarezza
- Abbastanza chiara
- Stato di attività
- Tranquilla
- Stack tecnologico
- python
- Ambito
- computer-vision, data
Direzione di ricerca
Inizia da src/spatialdata_io/readers/cosmx.py, intorno alla riga 197, e riproduci la forma segnalata da dask_image.imread.imread() usando FOV0046.tiff. Traccia il modo in cui il reader interpreta le dimensioni dell’immagine e verifica che l’ordine segnalato sia gestito correttamente per la visualizzazione downstream.
Scritto dal modello di indicizzazione a partire dal testo della issue.
Descrizione
The CosMx reader implements some pretty rigid expectations about image dimension order in input images here:
https://github.com/scverse/spatialdata-io/blob/main/src/spatialdata_io/readers/cosmx.py#L197
In the course of testing a pipeline for processing data for the SenNet and HuBMAP consortia, I've encountered data where dask_image.imread.imread() returns data with dimensions ordered like this:
>>> img = imread.imread('FOV0046.tiff')
>>> img
dask.array<_map_read_frame, shape=(5, 4256, 4256), dtype=uint16, chunksize=(1, 4256, 4256), chunktype=numpy.ndarray>
The transposition of C and Y dimensions relative to the reader's expectations results in some issues visualizing data downstream. I understand that there's a new CosMx reader in development, and am wondering if it will have more flexible expectations about image dimension ordering, and if there's a timeline for the release of the new reader.
- Lingua principale
- Python
- Stelle
- 103
- Fork
- 65
- Merge medio
- 1h 8m
- PR unite (30g)
- 3
Preparare l'ambiente
Come iniziare
- Leggi tutta la issue e poi la guida ai contributi del progetto.
- Commenta sulla issue per dire che te ne occupi tu — evita che due persone facciano lo stesso lavoro.
- Fai un fork del repository e lavora su un branch.
- Apri una pull request che faccia riferimento al numero della issue.
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