scverse/spatialdata-io

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Gemergte PRs (30 T.): 3

Vorherrschende Sprache: Python
Lizenz: BSD-3-Clause
Letzter GitHub-Push: 09.9.2026
Zuletzt indexiert: 19.9.2026
Beitragsleitfaden: Beitragsleitfaden
Verhaltenskodex: Verhaltenskodex
Anfänger-Labels: Keine Anfänger-Labels indexiert

Einsteigerfreundlich Alles

Offen Alle

Visium HD: empty `dataset_id` default produces an unnamed coordinate system that napari-spatialdata can't select Offen

bug

Schwierigkeit 3/5 1-2 Tage Anfängerfreundlichkeit 58/100

scverse/spatialdata-io#422 · Erstellt am 16.9.2026
AI-generated: macsima() uses the OME plane positions as pixel padding widths, truncated Offen

Schwierigkeit 4/5 3-5 Tage Anfängerfreundlichkeit 45/100

scverse/spatialdata-io#419 · 1 Kommentar · Erstellt am 09.9.2026
MCMICRO reader does not support new nf-core/mcmicro output formats Offen

Schwierigkeit 5/5 Über eine Woche Anfängerfreundlichkeit 48/100

scverse/spatialdata-io#409 · 1 Reaktion · Erstellt am 22.7.2026
Visium in matrix market format Offen

Schwierigkeit 3/5 1-2 Tage Anfängerfreundlichkeit 52/100

scverse/spatialdata-io#408 · Erstellt am 15.7.2026
Feature request: lazy parsing of the pyramidal OME-TIFF morphology focus in Xenium Offen

xenium

Schwierigkeit 4/5 3-5 Tage Anfängerfreundlichkeit 52/100

scverse/spatialdata-io#407 · Erstellt am 12.7.2026
CosMx Reader Incorrectly Assumes Image Dimension Order Offen

Schwierigkeit 3/5 1-2 Tage Anfängerfreundlichkeit 55/100

scverse/spatialdata-io#403 · 2 Kommentare · Erstellt am 04.6.2026
Xenium Fails to read third party segmentation Offen

bug xenium

Schwierigkeit 3/5 1-2 Tage Anfängerfreundlichkeit 48/100

scverse/spatialdata-io#402 · 1 Kommentar · 2 Reaktionen · Erstellt am 29.5.2026
Xenium transcript dask DataFrame has non-unique index; `transcript_id` is the natural unique key Offen

xenium

Schwierigkeit 5/5 Über eine Woche Anfängerfreundlichkeit 35/100

scverse/spatialdata-io#397 · Erstellt am 15.5.2026
Handling of case-variant column names in CosMx data Offen

Schwierigkeit 3/5 1-2 Tage Anfängerfreundlichkeit 45/100

scverse/spatialdata-io#393 · 1 Kommentar · Erstellt am 28.4.2026
filtered_counts_file parameter for cell-segmented matrices Offen

visium-hd

Schwierigkeit 3/5 1-2 Tage Anfängerfreundlichkeit 65/100

scverse/spatialdata-io#390 · Erstellt am 08.4.2026
Add Xenium Explorer GeoJSON import Offen

Schwierigkeit 4/5 3-5 Tage Anfängerfreundlichkeit 35/100

scverse/spatialdata-io#385 · 1 Kommentar · Erstellt am 12.3.2026
BMKS300 Offen

Schwierigkeit 5/5 Über eine Woche Anfängerfreundlichkeit 25/100

scverse/spatialdata-io#384 · 2 Kommentare · Erstellt am 10.3.2026
spatialdata.write fails on Xenium sdata in env with pandas 3.0.0 Offen

xenium

Schwierigkeit 3/5 1-2 Tage Anfängerfreundlichkeit 52/100

scverse/spatialdata-io#364 · 4 Kommentare · 2 Reaktionen · Erstellt am 03.2.2026
Error reading Xenium data: morphology file missing Offen

xenium

Schwierigkeit 3/5 1-2 Tage Anfängerfreundlichkeit 42/100

scverse/spatialdata-io#362 · 2 Kommentare · Erstellt am 01.2.2026
Error with spatialdata_io.xenium() reader Offen

xenium

Schwierigkeit 3/5 1-2 Tage Anfängerfreundlichkeit 45/100

scverse/spatialdata-io#361 · 2 Kommentare · 1 Reaktion · Erstellt am 30.1.2026
visium_hd reader: load_segmentations_only = False still loads segmentation results Offen

Schwierigkeit 3/5 1-2 Tage Anfängerfreundlichkeit 45/100

scverse/spatialdata-io#359 · 4 Kommentare · Erstellt am 22.1.2026
Anndata compatible version with spatialdata-io 5.1/5.0 Offen

Schwierigkeit 4/5 3-5 Tage Anfängerfreundlichkeit 30/100

scverse/spatialdata-io#346 · 1 Kommentar · Erstellt am 18.11.2025
Improve the contribution guide by adding some examples Offen

Schwierigkeit 2/5 1-3 Stunden Anfängerfreundlichkeit 35/100

scverse/spatialdata-io#340 · 1 Reaktion · Erstellt am 01.11.2025
PyArrow OSError: Unexpected end of stream Offen

Schwierigkeit 3/5 1-2 Tage Anfängerfreundlichkeit 35/100

scverse/spatialdata-io#334 · 4 Kommentare · Erstellt am 27.10.2025
proposal for friendly spatialdata_io.stereoseq function Offen

Schwierigkeit 5/5 Über eine Woche Anfängerfreundlichkeit 25/100

scverse/spatialdata-io#355 · 1 Kommentar · Erstellt am 17.9.2025
Xenium read error Offen

Schwierigkeit 4/5 3-5 Tage Anfängerfreundlichkeit 35/100

scverse/spatialdata-io#325 · 9 Kommentare · Erstellt am 17.9.2025
How to read BGI's STOmics spatial transcriptomics data? Offen

Schwierigkeit 4/5 3-5 Tage Anfängerfreundlichkeit 30/100

scverse/spatialdata-io#322 · Erstellt am 07.9.2025
Recommended approach for reading multiple Xenium slides with mutual panel at once Offen

Schwierigkeit 5/5 Über eine Woche Anfängerfreundlichkeit 25/100

scverse/spatialdata-io#319 · 1 Kommentar · Erstellt am 02.9.2025
ENHANCEMENT: to_legacy_anndata support with region > 1 Offen

Schwierigkeit 4/5 3-5 Tage Anfängerfreundlichkeit 42/100

scverse/spatialdata-io#318 · 12 Kommentare · Erstellt am 01.9.2025
Cosmx reader: CellOverlay is skipped Offen

Schwierigkeit 2/5 1-3 Stunden Anfängerfreundlichkeit 55/100

scverse/spatialdata-io#313 · 1 Kommentar · 1 Reaktion · Erstellt am 11.8.2025
`xenium_aligned_image` assumes the image has 3 or 4 channels Offen

Schwierigkeit 3/5 1-2 Tage Anfängerfreundlichkeit 45/100

scverse/spatialdata-io#311 · Erstellt am 31.7.2025
Unable to read xenium data Offen

Schwierigkeit 3/5 1-2 Tage Anfängerfreundlichkeit 35/100

scverse/spatialdata-io#309 · Erstellt am 30.6.2025
`xenium` fails on imported segmentation Offen

Schwierigkeit 3/5 1-2 Tage Anfängerfreundlichkeit 52/100

scverse/spatialdata-io#308 · 1 Reaktion · Erstellt am 17.6.2025
`spatialdata_io.xenium` results in `NA` feature names in the `transcripts` Spatial Element Offen

Schwierigkeit 3/5 1-2 Tage Anfängerfreundlichkeit 50/100

scverse/spatialdata-io#306 · Erstellt am 21.5.2025
VisiumHD: Reading in raw_probe_bc_matrix.h5 Offen

Schwierigkeit 3/5 1-2 Tage Anfängerfreundlichkeit 52/100

scverse/spatialdata-io#300 · Erstellt am 08.4.2025
Unique cell_ID issue with cosmx reader Offen

Schwierigkeit 3/5 1-2 Tage Anfängerfreundlichkeit 25/100

scverse/spatialdata-io#291 · 3 Kommentare · Erstellt am 18.3.2025
Use `scanpy` for reading matrixes Offen

Schwierigkeit 2/5 1-3 Stunden Anfängerfreundlichkeit 55/100

scverse/spatialdata-io#288 · Erstellt am 15.3.2025
Read `cell_feature_matrix` in market format Offen

Schwierigkeit 4/5 3-5 Tage Anfängerfreundlichkeit 35/100

scverse/spatialdata-io#287 · 4 Kommentare · Erstellt am 13.3.2025
VisiumHD: load scalefactor microns_per_pixel in anndata Offen

Schwierigkeit 3/5 1-2 Tage Anfängerfreundlichkeit 35/100

scverse/spatialdata-io#286 · 5 Kommentare · Erstellt am 11.3.2025
Python Environment Offen

Schwierigkeit 3/5 1-2 Tage Anfängerfreundlichkeit 25/100

scverse/spatialdata-io#277 · 1 Kommentar · Erstellt am 14.2.2025
Add `dataset_id` prefix to tables in Visium HD Offen

visium-hd

Schwierigkeit 3/5 1-2 Tage Anfängerfreundlichkeit 45/100

scverse/spatialdata-io#273 · 1 Reaktion · Erstellt am 06.2.2025
Load Visium HD generated without microscopy image Offen

Schwierigkeit 3/5 1-2 Tage Anfängerfreundlichkeit 45/100

scverse/spatialdata-io#270 · 8 Kommentare · Erstellt am 31.1.2025
Problem of reading dbit-seq image Offen

Schwierigkeit 3/5 1-2 Tage Anfängerfreundlichkeit 35/100

scverse/spatialdata-io#267 · 1 Kommentar · Erstellt am 26.1.2025
failure to import spatialdata_io Offen

Schwierigkeit 3/5 1-2 Tage Anfängerfreundlichkeit 35/100

scverse/spatialdata-io#263 · 1 Kommentar · Erstellt am 14.1.2025
z_index = 0 for polygons in MERSCOPE Offen

Schwierigkeit 3/5 1-2 Tage Anfängerfreundlichkeit 35/100

scverse/spatialdata-io#256 · 3 Kommentare · Erstellt am 05.1.2025
Change points to shapes for stereo-seq Offen

Schwierigkeit 3/5 1-2 Tage Anfängerfreundlichkeit 35/100

scverse/spatialdata-io#253 · 12 Kommentare · Erstellt am 03.1.2025
Selecting specific stains when reading merscope files into a sdata object. Offen

Schwierigkeit 2/5 1-3 Stunden Anfängerfreundlichkeit 48/100

scverse/spatialdata-io#250 · 3 Kommentare · Erstellt am 12.12.2024
In `.geojson` parsed, the index should be parsed from `.geojson` Offen

Schwierigkeit 3/5 1-2 Tage Anfängerfreundlichkeit 45/100

scverse/spatialdata-io#249 · 2 Kommentare · 1 Reaktion · Erstellt am 12.12.2024
Update MACSima reader when stitching is supported Offen

Schwierigkeit 4/5 3-5 Tage Anfängerfreundlichkeit 25/100

scverse/spatialdata-io#243 · 1 Kommentar · 1 Reaktion · Erstellt am 27.11.2024
Xenium cell segmentation mask export requires coordinate flipping among y-axis Offen

Schwierigkeit 4/5 3-5 Tage Anfängerfreundlichkeit 28/100

scverse/spatialdata-io#240 · 1 Kommentar · Erstellt am 18.11.2024
Missing tiles in Xenium H&E image Offen

Schwierigkeit 4/5 3-5 Tage Anfängerfreundlichkeit 35/100

scverse/spatialdata-io#235 · 4 Kommentare · Erstellt am 06.11.2024
Reduce readers' memory consumption Offen

Schwierigkeit 5/5 Über eine Woche Anfängerfreundlichkeit 25/100

scverse/spatialdata-io#229 · 1 Kommentar · Erstellt am 28.10.2024
Remove dummy channel from `xenium` Offen

xenium

Schwierigkeit 3/5 1-2 Tage Anfängerfreundlichkeit 35/100

scverse/spatialdata-io#226 · Erstellt am 23.10.2024
We're storing spot locations as int64 (and maybe more) - should be sth smaller Offen

Schwierigkeit 4/5 3-5 Tage Anfängerfreundlichkeit 25/100

scverse/spatialdata-io#220 · 3 Kommentare · Erstellt am 10.10.2024
cosmx - ValueError: Affine matrix must be homogeneous. Offen

Schwierigkeit 3/5 1-2 Tage Anfängerfreundlichkeit 35/100

scverse/spatialdata-io#213 · 7 Kommentare · Erstellt am 02.10.2024

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