Bioconductor/VariantAnnotation

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Annotation of Genetic Variants

Sterne: 32
Forks: 21
Offene Anfänger-Issues: 0
Indexierte Issues: 33

Vorherrschende Sprache: R
Lizenz: Keine Lizenzdaten
Letzter GitHub-Push: 27.7.2026
Zuletzt indexiert: 20.9.2026
Beitragsleitfaden: Kein Beitragsleitfaden
Verhaltenskodex: Kein Verhaltenskodex
Anfänger-Labels: Keine Anfänger-Labels indexiert
PR-Merge-Kennzahlen: Keine gemergten PRs in 30 T.

Einsteigerfreundlich Alles

Offen Alle

refactor the package Offen

Schwierigkeit 5/5 Über eine Woche Anfängerfreundlichkeit 25/100

Bioconductor/VariantAnnotation#115 · 4 Kommentare · Erstellt am 07.7.2026
what is the "covr" condition of this package? Offen

Bioconductor/VariantAnnotation#114 · 1 Reaktion · 2 zugewiesene Personen · Erstellt am 07.7.2026
produce false positive and false negative PRs Offen

Schwierigkeit 5/5 Über eine Woche Anfängerfreundlichkeit 35/100

Bioconductor/VariantAnnotation#113 · 2 Kommentare · Erstellt am 07.7.2026
possible problem parsing INFO description field Offen

Schwierigkeit 3/5 1-2 Tage Anfängerfreundlichkeit 35/100

Bioconductor/VariantAnnotation#89 · Erstellt am 22.5.2025
ensemblVEP::parseCSQToGRanges Offen

Schwierigkeit 5/5 Über eine Woche Anfängerfreundlichkeit 30/100

Bioconductor/VariantAnnotation#88 · 2 Kommentare · Erstellt am 07.3.2025
locateVariants failing on intronic variants Offen

Schwierigkeit 3/5 1-2 Tage Anfängerfreundlichkeit 38/100

Bioconductor/VariantAnnotation#87 · 1 Kommentar · Erstellt am 09.8.2024
`expand()` and non-standard rowRanges columns Offen

Schwierigkeit 3/5 1-2 Tage Anfängerfreundlichkeit 45/100

Bioconductor/VariantAnnotation#85 · 1 Kommentar · Erstellt am 19.7.2024
nonsense mutations from DBS across two codons misclassified as nonsynonymous? Offen

Schwierigkeit 1/5 Unter einer Stunde Anfängerfreundlichkeit 55/100

Bioconductor/VariantAnnotation#84 · Erstellt am 11.7.2024
Incorrect annotation of exon/intron boundary deletion Offen

Schwierigkeit 4/5 3-5 Tage Anfängerfreundlichkeit 35/100

Bioconductor/VariantAnnotation#83 · Erstellt am 03.7.2024
readVcf does not recognize my vcf file? Offen

Schwierigkeit 3/5 1-2 Tage Anfängerfreundlichkeit 45/100

Bioconductor/VariantAnnotation#82 · 6 Kommentare · Erstellt am 15.5.2024
locateVariants() and predictCoding() silently drop large INDELs Offen

Schwierigkeit 4/5 3-5 Tage Anfängerfreundlichkeit 35/100

Bioconductor/VariantAnnotation#81 · 5 Kommentare · Erstellt am 25.4.2024
`readVcf` doesn't handle quoted `=` in `hapmap_exome_chr22.vcf.gz` correctly Offen

Schwierigkeit 3/5 1-2 Tage Anfängerfreundlichkeit 62/100

Bioconductor/VariantAnnotation#80 · 10 Kommentare · Erstellt am 02.1.2024
Convert `Number=A` to `Number=1` when creating an `ExpandedVCF` Offen

Schwierigkeit 3/5 1-2 Tage Anfängerfreundlichkeit 42/100

Bioconductor/VariantAnnotation#79 · 5 Kommentare · Erstellt am 02.1.2024
Faithfully recapitulate metadata via a round-trip through `writeVcf` + `readVcf`. Offen

Schwierigkeit 4/5 3-5 Tage Anfängerfreundlichkeit 55/100

Bioconductor/VariantAnnotation#78 · 5 Kommentare · Erstellt am 02.1.2024
readVcf(), VariantAnnotation and shiny compatibility Offen

Schwierigkeit 4/5 3-5 Tage Anfängerfreundlichkeit 25/100

Bioconductor/VariantAnnotation#77 · 1 Kommentar · Erstellt am 08.12.2023
expand Error data is NULL Offen

Schwierigkeit 4/5 3-5 Tage Anfängerfreundlichkeit 35/100

Bioconductor/VariantAnnotation#72 · Erstellt am 13.8.2023
readVcf is Slow if ScanVcfParam which Regions is Lengthy Offen

Schwierigkeit 4/5 3-5 Tage Anfängerfreundlichkeit 43/100

Bioconductor/VariantAnnotation#70 · 4 Kommentare · Erstellt am 27.3.2023
writeVcf Output Causes IGV Errors from htsjdk Offen

Schwierigkeit 3/5 1-2 Tage Anfängerfreundlichkeit 42/100

Bioconductor/VariantAnnotation#65 · 5 Kommentare · Erstellt am 12.9.2022
Populate INFO column with VariantAnnotation::writeVcf Offen

Schwierigkeit 3/5 1-2 Tage Anfängerfreundlichkeit 35/100

Bioconductor/VariantAnnotation#61 · 4 Kommentare · Erstellt am 31.5.2022
locateVariants returns genes from both Forward and Reverse strands in PRECEDEID and FOLLOWID Offen

Schwierigkeit 3/5 1-2 Tage Anfängerfreundlichkeit 25/100

Bioconductor/VariantAnnotation#55 · 3 Kommentare · Erstellt am 23.2.2022
readVcfStack(param=ScanVcfParam()) doesn't work if "which=" is not specified. Offen

Schwierigkeit 3/5 1-2 Tage Anfängerfreundlichkeit 57/100

Bioconductor/VariantAnnotation#50 · 1 Kommentar · Erstellt am 06.10.2021
Can geno() obtain the reference depth and alternate allele separately? Offen

Schwierigkeit 5/5 Über eine Woche Anfängerfreundlichkeit 15/100

Bioconductor/VariantAnnotation#48 · 1 Kommentar · Erstellt am 17.9.2021
predictcoding - multiple mutations at a codon are never evaluated additively Offen

Schwierigkeit 4/5 3-5 Tage Anfängerfreundlichkeit 35/100

Bioconductor/VariantAnnotation#46 · 1 Kommentar · Erstellt am 08.3.2021
REFCODON not consistent with REF Offen

Schwierigkeit 4/5 3-5 Tage Anfängerfreundlichkeit 35/100

Bioconductor/VariantAnnotation#43 · 1 Kommentar · Erstellt am 03.11.2020
Proposal: String representation/RleMatrix Offen

Schwierigkeit 5/5 Über eine Woche Anfängerfreundlichkeit 25/100

Bioconductor/VariantAnnotation#38 · 6 Kommentare · Erstellt am 28.2.2020
API to change output suffix to .gz Offen

enhancement

Schwierigkeit 3/5 1-2 Tage Anfängerfreundlichkeit 45/100

Bioconductor/VariantAnnotation#35 · 7 Kommentare · 3 Reaktionen · Erstellt am 31.10.2019
ScanVcfParam which Parameter Description Inconsistency Offen

Schwierigkeit 2/5 1-3 Stunden Anfängerfreundlichkeit 38/100

Bioconductor/VariantAnnotation#34 · 2 Kommentare · Erstellt am 22.10.2019
Import Error for bcftools Compressed Files Offen

Schwierigkeit 4/5 3-5 Tage Anfängerfreundlichkeit 35/100

Bioconductor/VariantAnnotation#32 · 1 Kommentar · 7 Reaktionen · Erstellt am 05.8.2019
Ambiguous Description of Ellipsis for readVcf Offen

Schwierigkeit 2/5 1-3 Stunden Anfängerfreundlichkeit 40/100

Bioconductor/VariantAnnotation#31 · Erstellt am 01.8.2019
Can I read in a VCF "file" as a character string? Offen

Schwierigkeit 4/5 3-5 Tage Anfängerfreundlichkeit 35/100

Bioconductor/VariantAnnotation#28 · 1 Kommentar · Erstellt am 15.4.2019
Create protein sequences including variants from a VCF file Offen

Schwierigkeit 5/5 Über eine Woche Anfängerfreundlichkeit 25/100

Bioconductor/VariantAnnotation#24 · 3 Kommentare · Erstellt am 08.3.2019
Filtering VCF by ranges Offen

Schwierigkeit 5/5 Über eine Woche Anfängerfreundlichkeit 25/100

Bioconductor/VariantAnnotation#5 · Erstellt am 14.2.2018
merging VCF objects Offen

Schwierigkeit 5/5 Über eine Woche Anfängerfreundlichkeit 25/100

Bioconductor/VariantAnnotation#3 · 9 Kommentare · 2 Reaktionen · Erstellt am 23.1.2018

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