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possible problem parsing INFO description field

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Bewertung

Schwierigkeit
3/5
Geschätzter Aufwand
1-2 Tage
Anfängerfreundlichkeit
35/100
Issue-Typ
Bug
Klarheit
Größtenteils klar
Aktivitätsstatus
Veraltet
Tech-Stack
r
Bereich
bioinformatics

Rechercherichtung

Reproduziere das Problem mit dem im Bericht gezeigten INFO-Datensatz und untersuche den geparsten Wert unter vh@header@listData$INFO$Description[93]. Verfolge nach, wie das Description-Feld des Headers geparst wird, und konzentriere dich dabei auf das Gleichheitszeichen innerhalb des in Anführungszeichen gesetzten Texts. Erledigt ist die Aufgabe, wenn die vollständige Description einschließlich des Versionstexts nach dem Gleichheitszeichen erhalten bleibt.

Vom Indexierungsmodell aus dem Issue-Text verfasst.

Beschreibung

An INFO record like

##INFO=<ID=VRS_Allele_IDs,Number=R,Type=String,Description="The computed identifiers for the GA4GH VRS Alleles corresponding to the GT indexes of the REF and ALT alleles [VRS version=2.0.1;VRS-Python version=2.1.1]">

is processed to

> vh@header@listData$INFO$Description[93]
[1] "The computed identifiers for the GA4GH VRS Alleles corresponding to the GT indexes of the REF and ALT alleles [VRS version"

Something about the equals sign causes truncation of string?

 sessionInfo()
R version 4.4.2 (2024-10-31)
Platform: x86_64-pc-linux-gnu
Running under: Ubuntu 24.04.1 LTS

Matrix products: default
BLAS:   /usr/lib/x86_64-linux-gnu/openblas-pthread/libblas.so.3 
LAPACK: /usr/lib/x86_64-linux-gnu/openblas-pthread/libopenblasp-r0.3.26.so;  LAPACK version 3.12.0

locale:
 [1] LC_CTYPE=en_US.UTF-8       LC_NUMERIC=C               LC_TIME=en_US.UTF-8       
 [4] LC_COLLATE=en_US.UTF-8     LC_MONETARY=en_US.UTF-8    LC_MESSAGES=en_US.UTF-8   
 [7] LC_PAPER=en_US.UTF-8       LC_NAME=C                  LC_ADDRESS=C              
[10] LC_TELEPHONE=C             LC_MEASUREMENT=en_US.UTF-8 LC_IDENTIFICATION=C       

time zone: Etc/UTC
tzcode source: system (glibc)

attached base packages:
[1] stats4    stats     graphics  grDevices utils     datasets  methods   base     

other attached packages:
 [1] VariantAnnotation_1.52.0    Rsamtools_2.22.0            Biostrings_2.74.0          
 [4] XVector_0.46.0              SummarizedExperiment_1.36.0 Biobase_2.66.0             
 [7] GenomicRanges_1.58.0        GenomeInfoDb_1.42.1         IRanges_2.40.1             
[10] S4Vectors_0.44.0            MatrixGenerics_1.18.0       matrixStats_1.4.1          
[13] BiocGenerics_0.52.0         DT_0.33                     AnVILGCP_1.0.0             
[16] AnVIL_1.18.5                AnVILBase_1.0.0             dplyr_1.1.4                

loaded via a namespace (and not attached):
 [1] tidyselect_1.2.1         blob_1.2.4               bitops_1.0-9             RCurl_1.98-1.16         
 [5] fastmap_1.2.0            GenomicAlignments_1.42.0 promises_1.3.0           XML_3.99-0.17           
 [9] digest_0.6.37            mime_0.12                lifecycle_1.0.4          KEGGREST_1.46.0         
[13] RSQLite_2.3.7            magrittr_2.0.3           compiler_4.4.2           rlang_1.1.4             
[17] sass_0.4.9               tools_4.4.2              utf8_1.2.4               yaml_2.3.10             
[21] rtracklayer_1.66.0       lambda.r_1.2.4           S4Arrays_1.6.0           htmlwidgets_1.6.4       
[25] bit_4.5.0                curl_6.0.1               DelayedArray_0.32.0      pkgload_1.4.0           
[29] abind_1.4-8              BiocParallel_1.40.0      miniUI_0.1.1.1           purrr_1.0.2             
[33] grid_4.4.2               fansi_1.0.6              xtable_1.8-4             rapiclient_0.1.8        
[37] cli_3.6.3                crayon_1.5.3             generics_0.1.3           rstudioapi_0.17.1       
[41] rjson_0.2.23             httr_1.4.7               BiocBaseUtils_1.8.0      DBI_1.2.3               
[45] cachem_1.1.0             zlibbioc_1.52.0          parallel_4.4.2           AnnotationDbi_1.68.0    
[49] restfulr_0.0.15          formatR_1.14             vctrs_0.6.5              Matrix_1.7-1            
[53] jsonlite_1.8.9           bit64_4.5.2              GenomicFeatures_1.58.0   crosstalk_1.2.1         
[57] tidyr_1.3.1              jquerylib_0.1.4          glue_1.8.0               codetools_0.2-20        
[61] futile.logger_1.4.3      later_1.3.2              BiocIO_1.16.0            UCSC.utils_1.2.0        
[65] tibble_3.2.1             pillar_1.9.0             rappdirs_0.3.3           htmltools_0.5.8.1       
[69] BSgenome_1.74.0          GenomeInfoDbData_1.2.13  R6_2.5.1                 httr2_1.0.5             
[73] shiny_1.9.1              lattice_0.22-6           futile.options_1.0.1     png_0.1-8               
[77] memoise_2.0.1            httpuv_1.6.15            bslib_0.8.0              Rcpp_1.0.13-1           
[81] SparseArray_1.6.0        pkgconfig_2.0.3  
Vorherrschende Sprache
R
Sterne
32
Forks
21
PR-Merge-Kennzahlen
Keine gemergten PRs in 30 T.

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