possible problem parsing INFO description field
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Bewertung
- Schwierigkeit
- 3/5
- Geschätzter Aufwand
- 1-2 Tage
- Anfängerfreundlichkeit
- 35/100
- Issue-Typ
- Bug
- Klarheit
- Größtenteils klar
- Aktivitätsstatus
- Veraltet
- Tech-Stack
- r
- Bereich
- bioinformatics
Rechercherichtung
Reproduziere das Problem mit dem im Bericht gezeigten INFO-Datensatz und untersuche den geparsten Wert unter vh@header@listData$INFO$Description[93]. Verfolge nach, wie das Description-Feld des Headers geparst wird, und konzentriere dich dabei auf das Gleichheitszeichen innerhalb des in Anführungszeichen gesetzten Texts. Erledigt ist die Aufgabe, wenn die vollständige Description einschließlich des Versionstexts nach dem Gleichheitszeichen erhalten bleibt.
Vom Indexierungsmodell aus dem Issue-Text verfasst.
Beschreibung
An INFO record like
##INFO=<ID=VRS_Allele_IDs,Number=R,Type=String,Description="The computed identifiers for the GA4GH VRS Alleles corresponding to the GT indexes of the REF and ALT alleles [VRS version=2.0.1;VRS-Python version=2.1.1]">
is processed to
> vh@header@listData$INFO$Description[93]
[1] "The computed identifiers for the GA4GH VRS Alleles corresponding to the GT indexes of the REF and ALT alleles [VRS version"
Something about the equals sign causes truncation of string?
sessionInfo()
R version 4.4.2 (2024-10-31)
Platform: x86_64-pc-linux-gnu
Running under: Ubuntu 24.04.1 LTS
Matrix products: default
BLAS: /usr/lib/x86_64-linux-gnu/openblas-pthread/libblas.so.3
LAPACK: /usr/lib/x86_64-linux-gnu/openblas-pthread/libopenblasp-r0.3.26.so; LAPACK version 3.12.0
locale:
[1] LC_CTYPE=en_US.UTF-8 LC_NUMERIC=C LC_TIME=en_US.UTF-8
[4] LC_COLLATE=en_US.UTF-8 LC_MONETARY=en_US.UTF-8 LC_MESSAGES=en_US.UTF-8
[7] LC_PAPER=en_US.UTF-8 LC_NAME=C LC_ADDRESS=C
[10] LC_TELEPHONE=C LC_MEASUREMENT=en_US.UTF-8 LC_IDENTIFICATION=C
time zone: Etc/UTC
tzcode source: system (glibc)
attached base packages:
[1] stats4 stats graphics grDevices utils datasets methods base
other attached packages:
[1] VariantAnnotation_1.52.0 Rsamtools_2.22.0 Biostrings_2.74.0
[4] XVector_0.46.0 SummarizedExperiment_1.36.0 Biobase_2.66.0
[7] GenomicRanges_1.58.0 GenomeInfoDb_1.42.1 IRanges_2.40.1
[10] S4Vectors_0.44.0 MatrixGenerics_1.18.0 matrixStats_1.4.1
[13] BiocGenerics_0.52.0 DT_0.33 AnVILGCP_1.0.0
[16] AnVIL_1.18.5 AnVILBase_1.0.0 dplyr_1.1.4
loaded via a namespace (and not attached):
[1] tidyselect_1.2.1 blob_1.2.4 bitops_1.0-9 RCurl_1.98-1.16
[5] fastmap_1.2.0 GenomicAlignments_1.42.0 promises_1.3.0 XML_3.99-0.17
[9] digest_0.6.37 mime_0.12 lifecycle_1.0.4 KEGGREST_1.46.0
[13] RSQLite_2.3.7 magrittr_2.0.3 compiler_4.4.2 rlang_1.1.4
[17] sass_0.4.9 tools_4.4.2 utf8_1.2.4 yaml_2.3.10
[21] rtracklayer_1.66.0 lambda.r_1.2.4 S4Arrays_1.6.0 htmlwidgets_1.6.4
[25] bit_4.5.0 curl_6.0.1 DelayedArray_0.32.0 pkgload_1.4.0
[29] abind_1.4-8 BiocParallel_1.40.0 miniUI_0.1.1.1 purrr_1.0.2
[33] grid_4.4.2 fansi_1.0.6 xtable_1.8-4 rapiclient_0.1.8
[37] cli_3.6.3 crayon_1.5.3 generics_0.1.3 rstudioapi_0.17.1
[41] rjson_0.2.23 httr_1.4.7 BiocBaseUtils_1.8.0 DBI_1.2.3
[45] cachem_1.1.0 zlibbioc_1.52.0 parallel_4.4.2 AnnotationDbi_1.68.0
[49] restfulr_0.0.15 formatR_1.14 vctrs_0.6.5 Matrix_1.7-1
[53] jsonlite_1.8.9 bit64_4.5.2 GenomicFeatures_1.58.0 crosstalk_1.2.1
[57] tidyr_1.3.1 jquerylib_0.1.4 glue_1.8.0 codetools_0.2-20
[61] futile.logger_1.4.3 later_1.3.2 BiocIO_1.16.0 UCSC.utils_1.2.0
[65] tibble_3.2.1 pillar_1.9.0 rappdirs_0.3.3 htmltools_0.5.8.1
[69] BSgenome_1.74.0 GenomeInfoDbData_1.2.13 R6_2.5.1 httr2_1.0.5
[73] shiny_1.9.1 lattice_0.22-6 futile.options_1.0.1 png_0.1-8
[77] memoise_2.0.1 httpuv_1.6.15 bslib_0.8.0 Rcpp_1.0.13-1
[81] SparseArray_1.6.0 pkgconfig_2.0.3
- Vorherrschende Sprache
- R
- Sterne
- 32
- Forks
- 21
- PR-Merge-Kennzahlen
- Keine gemergten PRs in 30 T.
Beitragsleitfaden
Für dieses Repository ist kein Beitragsleitfaden indexiert
Erste Schritte
- Lesen Sie das ganze Issue und danach den Beitragsleitfaden des Projekts.
- Schreiben Sie ins Issue, dass Sie es übernehmen — das erspart doppelte Arbeit.
- Forken Sie das Repository und arbeiten Sie in einem Branch.
- Öffnen Sie einen Pull Request, der die Issue-Nummer nennt.
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