Bioconductor/VariantAnnotation

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Annotation of Genetic Variants

Stelle: 32
Fork: 21
Issue aperte per principianti: 0
Issue indicizzate: 33

Lingua principale: R
Licenza: Nessun dato sulla licenza
Ultimo push su GitHub: 27/7/2026
Ultima indicizzazione: 20/9/2026
Guida per i contributori: Nessuna guida per i contributori
Codice di condotta: Nessun codice di condotta
Label per principianti: Nessuna label per principianti indicizzata
Metriche di merge delle PR: Nessuna PR unita negli ultimi 30g

Adatte ai principianti Tutto

Aperta Tutte

refactor the package Aperta

Difficoltà 5/5 Più di una settimana Idoneità per principianti 25/100

Bioconductor/VariantAnnotation#115 · 4 commenti · Aperta il 7/7/2026
what is the "covr" condition of this package? Aperta

Bioconductor/VariantAnnotation#114 · 1 reazione · 2 assegnatari · Aperta il 7/7/2026
produce false positive and false negative PRs Aperta

Difficoltà 5/5 Più di una settimana Idoneità per principianti 35/100

Bioconductor/VariantAnnotation#113 · 2 commenti · Aperta il 7/7/2026
possible problem parsing INFO description field Aperta

Difficoltà 3/5 1-2 giorni Idoneità per principianti 35/100

Bioconductor/VariantAnnotation#89 · Aperta il 22/5/2025
ensemblVEP::parseCSQToGRanges Aperta

Difficoltà 5/5 Più di una settimana Idoneità per principianti 30/100

Bioconductor/VariantAnnotation#88 · 2 commenti · Aperta il 7/3/2025
locateVariants failing on intronic variants Aperta

Difficoltà 3/5 1-2 giorni Idoneità per principianti 38/100

Bioconductor/VariantAnnotation#87 · 1 commento · Aperta il 9/8/2024
`expand()` and non-standard rowRanges columns Aperta

Difficoltà 3/5 1-2 giorni Idoneità per principianti 45/100

Bioconductor/VariantAnnotation#85 · 1 commento · Aperta il 19/7/2024
nonsense mutations from DBS across two codons misclassified as nonsynonymous? Aperta

Difficoltà 1/5 Meno di un'ora Idoneità per principianti 55/100

Bioconductor/VariantAnnotation#84 · Aperta il 11/7/2024
Incorrect annotation of exon/intron boundary deletion Aperta

Difficoltà 4/5 3-5 giorni Idoneità per principianti 35/100

Bioconductor/VariantAnnotation#83 · Aperta il 3/7/2024
readVcf does not recognize my vcf file? Aperta

Difficoltà 3/5 1-2 giorni Idoneità per principianti 45/100

Bioconductor/VariantAnnotation#82 · 6 commenti · Aperta il 15/5/2024
locateVariants() and predictCoding() silently drop large INDELs Aperta

Difficoltà 4/5 3-5 giorni Idoneità per principianti 35/100

Bioconductor/VariantAnnotation#81 · 5 commenti · Aperta il 25/4/2024
`readVcf` doesn't handle quoted `=` in `hapmap_exome_chr22.vcf.gz` correctly Aperta

Difficoltà 3/5 1-2 giorni Idoneità per principianti 62/100

Bioconductor/VariantAnnotation#80 · 10 commenti · Aperta il 2/1/2024
Convert `Number=A` to `Number=1` when creating an `ExpandedVCF` Aperta

Difficoltà 3/5 1-2 giorni Idoneità per principianti 42/100

Bioconductor/VariantAnnotation#79 · 5 commenti · Aperta il 2/1/2024
Faithfully recapitulate metadata via a round-trip through `writeVcf` + `readVcf`. Aperta

Difficoltà 4/5 3-5 giorni Idoneità per principianti 55/100

Bioconductor/VariantAnnotation#78 · 5 commenti · Aperta il 2/1/2024
readVcf(), VariantAnnotation and shiny compatibility Aperta

Difficoltà 4/5 3-5 giorni Idoneità per principianti 25/100

Bioconductor/VariantAnnotation#77 · 1 commento · Aperta il 8/12/2023
expand Error data is NULL Aperta

Difficoltà 4/5 3-5 giorni Idoneità per principianti 35/100

Bioconductor/VariantAnnotation#72 · Aperta il 13/8/2023
readVcf is Slow if ScanVcfParam which Regions is Lengthy Aperta

Difficoltà 4/5 3-5 giorni Idoneità per principianti 43/100

Bioconductor/VariantAnnotation#70 · 4 commenti · Aperta il 27/3/2023
writeVcf Output Causes IGV Errors from htsjdk Aperta

Difficoltà 3/5 1-2 giorni Idoneità per principianti 42/100

Bioconductor/VariantAnnotation#65 · 5 commenti · Aperta il 12/9/2022
Populate INFO column with VariantAnnotation::writeVcf Aperta

Difficoltà 3/5 1-2 giorni Idoneità per principianti 35/100

Bioconductor/VariantAnnotation#61 · 4 commenti · Aperta il 31/5/2022
locateVariants returns genes from both Forward and Reverse strands in PRECEDEID and FOLLOWID Aperta

Difficoltà 3/5 1-2 giorni Idoneità per principianti 25/100

Bioconductor/VariantAnnotation#55 · 3 commenti · Aperta il 23/2/2022
readVcfStack(param=ScanVcfParam()) doesn't work if "which=" is not specified. Aperta

Difficoltà 3/5 1-2 giorni Idoneità per principianti 57/100

Bioconductor/VariantAnnotation#50 · 1 commento · Aperta il 6/10/2021
Can geno() obtain the reference depth and alternate allele separately? Aperta

Difficoltà 5/5 Più di una settimana Idoneità per principianti 15/100

Bioconductor/VariantAnnotation#48 · 1 commento · Aperta il 17/9/2021
predictcoding - multiple mutations at a codon are never evaluated additively Aperta

Difficoltà 4/5 3-5 giorni Idoneità per principianti 35/100

Bioconductor/VariantAnnotation#46 · 1 commento · Aperta il 8/3/2021
REFCODON not consistent with REF Aperta

Difficoltà 4/5 3-5 giorni Idoneità per principianti 35/100

Bioconductor/VariantAnnotation#43 · 1 commento · Aperta il 3/11/2020
Proposal: String representation/RleMatrix Aperta

Difficoltà 5/5 Più di una settimana Idoneità per principianti 25/100

Bioconductor/VariantAnnotation#38 · 6 commenti · Aperta il 28/2/2020
API to change output suffix to .gz Aperta

enhancement

Difficoltà 3/5 1-2 giorni Idoneità per principianti 45/100

Bioconductor/VariantAnnotation#35 · 7 commenti · 3 reazioni · Aperta il 31/10/2019
ScanVcfParam which Parameter Description Inconsistency Aperta

Difficoltà 2/5 1-3 ore Idoneità per principianti 38/100

Bioconductor/VariantAnnotation#34 · 2 commenti · Aperta il 22/10/2019
Import Error for bcftools Compressed Files Aperta

Difficoltà 4/5 3-5 giorni Idoneità per principianti 35/100

Bioconductor/VariantAnnotation#32 · 1 commento · 7 reazioni · Aperta il 5/8/2019
Ambiguous Description of Ellipsis for readVcf Aperta

Difficoltà 2/5 1-3 ore Idoneità per principianti 40/100

Bioconductor/VariantAnnotation#31 · Aperta il 1/8/2019
Can I read in a VCF "file" as a character string? Aperta

Difficoltà 4/5 3-5 giorni Idoneità per principianti 35/100

Bioconductor/VariantAnnotation#28 · 1 commento · Aperta il 15/4/2019
Create protein sequences including variants from a VCF file Aperta

Difficoltà 5/5 Più di una settimana Idoneità per principianti 25/100

Bioconductor/VariantAnnotation#24 · 3 commenti · Aperta il 8/3/2019
Filtering VCF by ranges Aperta

Difficoltà 5/5 Più di una settimana Idoneità per principianti 25/100

Bioconductor/VariantAnnotation#5 · Aperta il 14/2/2018
merging VCF objects Aperta

Difficoltà 5/5 Più di una settimana Idoneità per principianti 25/100

Bioconductor/VariantAnnotation#3 · 9 commenti · 2 reazioni · Aperta il 23/1/2018

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