Can I read in a VCF "file" as a character string?
Bewertung
- Schwierigkeit
- 4/5
- Geschätzter Aufwand
- 3-5 Tage
- Anfängerfreundlichkeit
- 35/100
- Issue-Typ
- Feature
- Klarheit
- Größtenteils klar
- Aktivitätsstatus
- Veraltet
- Tech-Stack
- r
- Bereich
- bioinformatics
Rechercherichtung
Beginne beim Einstiegspunkt readVCF und prüfe, wie dieser Dateinamen akzeptiert und ein CollapsedVCF-Objekt erstellt. Erledigt ist die Aufgabe, wenn eine VCF-Zeichenkette direkt übergeben werden kann, ohne eine temporäre Datei zu erstellen, auch bei großen Eingaben; prüfe zuerst das bestehende Verhalten von readVCF und die relevanten Tests.
Vom Indexierungsmodell aus dem Issue-Text verfasst.
Beschreibung
First off, thanks for an excellent tool.
This is a bit of a niche issue, but I was wondering is it possible to pass readVCF a character string instead of a filename?
I have a database in which VCF files have been inserted as a blob variable. My current implementation:
- Reads the VCF character string from the database
- Writes it to a tempfile
- Passes the tempfile to readVCF to create a CollapsedVCF object
- Deletes the temp file
For the most part, this isn't too much of a performance hit, but I have some 100+ mb VCF files in which the file i/o takes longer than I would like. If I could go directly from character string to CollapsedVCF it would be much more efficient.
- Vorherrschende Sprache
- R
- Sterne
- 32
- Forks
- 21
- PR-Merge-Kennzahlen
- Keine gemergten PRs in 30 T.
Entwicklungsumgebung
Dieses Projekt bietet weder Dev-Container noch Dockerfile noch Beitragsleitfaden – die Einrichtung liegt bei Ihnen. Beginnen Sie mit der README; die allgemeinen Schritte stehen in unserem Leitfaden für den ersten Beitrag.
Erste Schritte
- Lesen Sie das ganze Issue und danach den Beitragsleitfaden des Projekts.
- Schreiben Sie ins Issue, dass Sie es übernehmen — das erspart doppelte Arbeit.
- Forken Sie das Repository und arbeiten Sie in einem Branch.
- Öffnen Sie einen Pull Request, der die Issue-Nummer nennt.
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