Bioconductor/VariantAnnotation

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Annotation of Genetic Variants

Estrelas: 32
Forks: 21
Issues abertas para iniciantes: 0
Issues indexadas: 33

Linguagem predominante: R
Licença: Sem dados de licença
Último push no GitHub: 27/7/2026
Última indexação: 20/9/2026
Guia de contribuição: Sem guia de contribuição
Código de conduta: Sem código de conduta
Labels para iniciantes: Nenhum label para iniciantes indexado
Métricas de merge de PRs: Nenhum PR com merge em 30d

Para iniciantes Tudo

Abertas Todas

refactor the package Aberta

Dificuldade 5/5 Mais de uma semana Facilidade para iniciantes 25/100

Bioconductor/VariantAnnotation#115 · 4 comentários · Aberta em 7/7/2026
what is the "covr" condition of this package? Aberta

Bioconductor/VariantAnnotation#114 · 1 reação · 2 responsáveis · Aberta em 7/7/2026
produce false positive and false negative PRs Aberta

Dificuldade 5/5 Mais de uma semana Facilidade para iniciantes 35/100

Bioconductor/VariantAnnotation#113 · 2 comentários · Aberta em 7/7/2026
possible problem parsing INFO description field Aberta

Dificuldade 3/5 1-2 dias Facilidade para iniciantes 35/100

Bioconductor/VariantAnnotation#89 · Aberta em 22/5/2025
ensemblVEP::parseCSQToGRanges Aberta

Dificuldade 5/5 Mais de uma semana Facilidade para iniciantes 30/100

Bioconductor/VariantAnnotation#88 · 2 comentários · Aberta em 7/3/2025
locateVariants failing on intronic variants Aberta

Dificuldade 3/5 1-2 dias Facilidade para iniciantes 38/100

Bioconductor/VariantAnnotation#87 · 1 comentário · Aberta em 9/8/2024
`expand()` and non-standard rowRanges columns Aberta

Dificuldade 3/5 1-2 dias Facilidade para iniciantes 45/100

Bioconductor/VariantAnnotation#85 · 1 comentário · Aberta em 19/7/2024
nonsense mutations from DBS across two codons misclassified as nonsynonymous? Aberta

Dificuldade 1/5 Menos de uma hora Facilidade para iniciantes 55/100

Bioconductor/VariantAnnotation#84 · Aberta em 11/7/2024
Incorrect annotation of exon/intron boundary deletion Aberta

Dificuldade 4/5 3-5 dias Facilidade para iniciantes 35/100

Bioconductor/VariantAnnotation#83 · Aberta em 3/7/2024
readVcf does not recognize my vcf file? Aberta

Dificuldade 3/5 1-2 dias Facilidade para iniciantes 45/100

Bioconductor/VariantAnnotation#82 · 6 comentários · Aberta em 15/5/2024
locateVariants() and predictCoding() silently drop large INDELs Aberta

Dificuldade 4/5 3-5 dias Facilidade para iniciantes 35/100

Bioconductor/VariantAnnotation#81 · 5 comentários · Aberta em 25/4/2024
`readVcf` doesn't handle quoted `=` in `hapmap_exome_chr22.vcf.gz` correctly Aberta

Dificuldade 3/5 1-2 dias Facilidade para iniciantes 62/100

Bioconductor/VariantAnnotation#80 · 10 comentários · Aberta em 2/1/2024
Convert `Number=A` to `Number=1` when creating an `ExpandedVCF` Aberta

Dificuldade 3/5 1-2 dias Facilidade para iniciantes 42/100

Bioconductor/VariantAnnotation#79 · 5 comentários · Aberta em 2/1/2024
Faithfully recapitulate metadata via a round-trip through `writeVcf` + `readVcf`. Aberta

Dificuldade 4/5 3-5 dias Facilidade para iniciantes 55/100

Bioconductor/VariantAnnotation#78 · 5 comentários · Aberta em 2/1/2024
readVcf(), VariantAnnotation and shiny compatibility Aberta

Dificuldade 4/5 3-5 dias Facilidade para iniciantes 25/100

Bioconductor/VariantAnnotation#77 · 1 comentário · Aberta em 8/12/2023
expand Error data is NULL Aberta

Dificuldade 4/5 3-5 dias Facilidade para iniciantes 35/100

Bioconductor/VariantAnnotation#72 · Aberta em 13/8/2023
readVcf is Slow if ScanVcfParam which Regions is Lengthy Aberta

Dificuldade 4/5 3-5 dias Facilidade para iniciantes 43/100

Bioconductor/VariantAnnotation#70 · 4 comentários · Aberta em 27/3/2023
writeVcf Output Causes IGV Errors from htsjdk Aberta

Dificuldade 3/5 1-2 dias Facilidade para iniciantes 42/100

Bioconductor/VariantAnnotation#65 · 5 comentários · Aberta em 12/9/2022
Populate INFO column with VariantAnnotation::writeVcf Aberta

Dificuldade 3/5 1-2 dias Facilidade para iniciantes 35/100

Bioconductor/VariantAnnotation#61 · 4 comentários · Aberta em 31/5/2022
locateVariants returns genes from both Forward and Reverse strands in PRECEDEID and FOLLOWID Aberta

Dificuldade 3/5 1-2 dias Facilidade para iniciantes 25/100

Bioconductor/VariantAnnotation#55 · 3 comentários · Aberta em 23/2/2022
readVcfStack(param=ScanVcfParam()) doesn't work if "which=" is not specified. Aberta

Dificuldade 3/5 1-2 dias Facilidade para iniciantes 57/100

Bioconductor/VariantAnnotation#50 · 1 comentário · Aberta em 6/10/2021
Can geno() obtain the reference depth and alternate allele separately? Aberta

Dificuldade 5/5 Mais de uma semana Facilidade para iniciantes 15/100

Bioconductor/VariantAnnotation#48 · 1 comentário · Aberta em 17/9/2021
predictcoding - multiple mutations at a codon are never evaluated additively Aberta

Dificuldade 4/5 3-5 dias Facilidade para iniciantes 35/100

Bioconductor/VariantAnnotation#46 · 1 comentário · Aberta em 8/3/2021
REFCODON not consistent with REF Aberta

Dificuldade 4/5 3-5 dias Facilidade para iniciantes 35/100

Bioconductor/VariantAnnotation#43 · 1 comentário · Aberta em 3/11/2020
Proposal: String representation/RleMatrix Aberta

Dificuldade 5/5 Mais de uma semana Facilidade para iniciantes 25/100

Bioconductor/VariantAnnotation#38 · 6 comentários · Aberta em 28/2/2020
API to change output suffix to .gz Aberta

enhancement

Dificuldade 3/5 1-2 dias Facilidade para iniciantes 45/100

Bioconductor/VariantAnnotation#35 · 7 comentários · 3 reações · Aberta em 31/10/2019
ScanVcfParam which Parameter Description Inconsistency Aberta

Dificuldade 2/5 1-3 horas Facilidade para iniciantes 38/100

Bioconductor/VariantAnnotation#34 · 2 comentários · Aberta em 22/10/2019
Import Error for bcftools Compressed Files Aberta

Dificuldade 4/5 3-5 dias Facilidade para iniciantes 35/100

Bioconductor/VariantAnnotation#32 · 1 comentário · 7 reações · Aberta em 5/8/2019
Ambiguous Description of Ellipsis for readVcf Aberta

Dificuldade 2/5 1-3 horas Facilidade para iniciantes 40/100

Bioconductor/VariantAnnotation#31 · Aberta em 1/8/2019
Can I read in a VCF "file" as a character string? Aberta

Dificuldade 4/5 3-5 dias Facilidade para iniciantes 35/100

Bioconductor/VariantAnnotation#28 · 1 comentário · Aberta em 15/4/2019
Create protein sequences including variants from a VCF file Aberta

Dificuldade 5/5 Mais de uma semana Facilidade para iniciantes 25/100

Bioconductor/VariantAnnotation#24 · 3 comentários · Aberta em 8/3/2019
Filtering VCF by ranges Aberta

Dificuldade 5/5 Mais de uma semana Facilidade para iniciantes 25/100

Bioconductor/VariantAnnotation#5 · Aberta em 14/2/2018
merging VCF objects Aberta

Dificuldade 5/5 Mais de uma semana Facilidade para iniciantes 25/100

Bioconductor/VariantAnnotation#3 · 9 comentários · 2 reações · Aberta em 23/1/2018

Bioconductor/VariantAnnotation

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