expand Error data is NULL

Offen

#72 erstellt am 13.8.2023 0 Kommentare 0 Reaktionen 0 zugewiesene Personen Auf GitHub ansehen

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Bewertung

Schwierigkeit: 4/5
Geschätzter Aufwand: 3-5 Tage
Anfängerfreundlichkeit: 35/100

Issue-Typ: Bug
Klarheit: Muss geklärt werden
Aktivitätsstatus: Veraltet
Tech-Stack: r
Bereich: bioinformatics

Rechercherichtung

Reproduziere den Fehler, indem du af-only-gnomad.hg38.vcf.gz mit readVcf einliest und anschließend expand aufrufst. Folge dann dem Traceback durch .expandGeno und .expandAD. Das Issue ist behoben, wenn diese gnomAD-Datei ohne den NULL-data-Fehler erweitert wird und das Paketbeispiel weiterhin funktioniert.

Vom Indexierungsmodell aus dem Issue-Text verfasst.

Beschreibung

It doesn't happen with the package's example file but does with Genome Analysis ToolKit's gnomAD allele frequency file.

populationFreq <- readVcf("af-only-gnomad.hg38.vcf.gz")
expand(populationFreq)
  Error in array(vec, c(idxlen, xcols, 2L)) : 
  'data' must be of a vector type, was 'NULL'
> traceback()
6: array(vec, c(idxlen, xcols, 2L))
5: .expandAD(gvarR, length(idx), ncol(x))
4: .expandGeno(x, hdr, elt, idx)

Vorherrschende Sprache: R
Sterne: 32
Forks: 21
PR-Merge-Kennzahlen: Keine gemergten PRs in 30 T.

Beitragsleitfaden

Für dieses Repository ist kein Beitragsleitfaden indexiert

Erste Schritte

Lesen Sie das ganze Issue und danach den Beitragsleitfaden des Projekts.
Schreiben Sie ins Issue, dass Sie es übernehmen — das erspart doppelte Arbeit.
Forken Sie das Repository und arbeiten Sie in einem Branch.
Öffnen Sie einen Pull Request, der die Issue-Nummer nennt.

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