Bioconductor/VariantAnnotation

Voir sur GitHub

Annotation of Genetic Variants

Étoiles: 32
Forks: 21
Issues débutants ouvertes: 0
Issues indexées: 33

Langage dominant: R
Licence: Aucune donnée de licence
Dernier push GitHub: 27/7/2026
Dernière indexation: 20/9/2026
Guide de contribution: Aucun guide de contribution
Code de conduite: Aucun code de conduite
Labels débutants: Aucun label débutant indexé
Métriques de merge des PR: Aucune PR mergée en 30 j

Accessible aux débutants Tout

Ouverte Toutes

refactor the package Ouverte

Difficulté 5/5 Plus d'une semaine Accessibilité débutants 25/100

Bioconductor/VariantAnnotation#115 · 4 commentaires · Ouverte le 7/7/2026
what is the "covr" condition of this package? Ouverte

Bioconductor/VariantAnnotation#114 · 1 réaction · 2 personnes assignées · Ouverte le 7/7/2026
produce false positive and false negative PRs Ouverte

Difficulté 5/5 Plus d'une semaine Accessibilité débutants 35/100

Bioconductor/VariantAnnotation#113 · 2 commentaires · Ouverte le 7/7/2026
possible problem parsing INFO description field Ouverte

Difficulté 3/5 1-2 jours Accessibilité débutants 35/100

Bioconductor/VariantAnnotation#89 · Ouverte le 22/5/2025
ensemblVEP::parseCSQToGRanges Ouverte

Difficulté 5/5 Plus d'une semaine Accessibilité débutants 30/100

Bioconductor/VariantAnnotation#88 · 2 commentaires · Ouverte le 7/3/2025
locateVariants failing on intronic variants Ouverte

Difficulté 3/5 1-2 jours Accessibilité débutants 38/100

Bioconductor/VariantAnnotation#87 · 1 commentaire · Ouverte le 9/8/2024
`expand()` and non-standard rowRanges columns Ouverte

Difficulté 3/5 1-2 jours Accessibilité débutants 45/100

Bioconductor/VariantAnnotation#85 · 1 commentaire · Ouverte le 19/7/2024
nonsense mutations from DBS across two codons misclassified as nonsynonymous? Ouverte

Difficulté 1/5 Moins d'une heure Accessibilité débutants 55/100

Bioconductor/VariantAnnotation#84 · Ouverte le 11/7/2024
Incorrect annotation of exon/intron boundary deletion Ouverte

Difficulté 4/5 3-5 jours Accessibilité débutants 35/100

Bioconductor/VariantAnnotation#83 · Ouverte le 3/7/2024
readVcf does not recognize my vcf file? Ouverte

Difficulté 3/5 1-2 jours Accessibilité débutants 45/100

Bioconductor/VariantAnnotation#82 · 6 commentaires · Ouverte le 15/5/2024
locateVariants() and predictCoding() silently drop large INDELs Ouverte

Difficulté 4/5 3-5 jours Accessibilité débutants 35/100

Bioconductor/VariantAnnotation#81 · 5 commentaires · Ouverte le 25/4/2024
`readVcf` doesn't handle quoted `=` in `hapmap_exome_chr22.vcf.gz` correctly Ouverte

Difficulté 3/5 1-2 jours Accessibilité débutants 62/100

Bioconductor/VariantAnnotation#80 · 10 commentaires · Ouverte le 2/1/2024
Convert `Number=A` to `Number=1` when creating an `ExpandedVCF` Ouverte

Difficulté 3/5 1-2 jours Accessibilité débutants 42/100

Bioconductor/VariantAnnotation#79 · 5 commentaires · Ouverte le 2/1/2024
Faithfully recapitulate metadata via a round-trip through `writeVcf` + `readVcf`. Ouverte

Difficulté 4/5 3-5 jours Accessibilité débutants 55/100

Bioconductor/VariantAnnotation#78 · 5 commentaires · Ouverte le 2/1/2024
readVcf(), VariantAnnotation and shiny compatibility Ouverte

Difficulté 4/5 3-5 jours Accessibilité débutants 25/100

Bioconductor/VariantAnnotation#77 · 1 commentaire · Ouverte le 8/12/2023
expand Error data is NULL Ouverte

Difficulté 4/5 3-5 jours Accessibilité débutants 35/100

Bioconductor/VariantAnnotation#72 · Ouverte le 13/8/2023
readVcf is Slow if ScanVcfParam which Regions is Lengthy Ouverte

Difficulté 4/5 3-5 jours Accessibilité débutants 43/100

Bioconductor/VariantAnnotation#70 · 4 commentaires · Ouverte le 27/3/2023
writeVcf Output Causes IGV Errors from htsjdk Ouverte

Difficulté 3/5 1-2 jours Accessibilité débutants 42/100

Bioconductor/VariantAnnotation#65 · 5 commentaires · Ouverte le 12/9/2022
Populate INFO column with VariantAnnotation::writeVcf Ouverte

Difficulté 3/5 1-2 jours Accessibilité débutants 35/100

Bioconductor/VariantAnnotation#61 · 4 commentaires · Ouverte le 31/5/2022
locateVariants returns genes from both Forward and Reverse strands in PRECEDEID and FOLLOWID Ouverte

Difficulté 3/5 1-2 jours Accessibilité débutants 25/100

Bioconductor/VariantAnnotation#55 · 3 commentaires · Ouverte le 23/2/2022
readVcfStack(param=ScanVcfParam()) doesn't work if "which=" is not specified. Ouverte

Difficulté 3/5 1-2 jours Accessibilité débutants 57/100

Bioconductor/VariantAnnotation#50 · 1 commentaire · Ouverte le 6/10/2021
Can geno() obtain the reference depth and alternate allele separately? Ouverte

Difficulté 5/5 Plus d'une semaine Accessibilité débutants 15/100

Bioconductor/VariantAnnotation#48 · 1 commentaire · Ouverte le 17/9/2021
predictcoding - multiple mutations at a codon are never evaluated additively Ouverte

Difficulté 4/5 3-5 jours Accessibilité débutants 35/100

Bioconductor/VariantAnnotation#46 · 1 commentaire · Ouverte le 8/3/2021
REFCODON not consistent with REF Ouverte

Difficulté 4/5 3-5 jours Accessibilité débutants 35/100

Bioconductor/VariantAnnotation#43 · 1 commentaire · Ouverte le 3/11/2020
Proposal: String representation/RleMatrix Ouverte

Difficulté 5/5 Plus d'une semaine Accessibilité débutants 25/100

Bioconductor/VariantAnnotation#38 · 6 commentaires · Ouverte le 28/2/2020
API to change output suffix to .gz Ouverte

enhancement

Difficulté 3/5 1-2 jours Accessibilité débutants 45/100

Bioconductor/VariantAnnotation#35 · 7 commentaires · 3 réactions · Ouverte le 31/10/2019
ScanVcfParam which Parameter Description Inconsistency Ouverte

Difficulté 2/5 1-3 heures Accessibilité débutants 38/100

Bioconductor/VariantAnnotation#34 · 2 commentaires · Ouverte le 22/10/2019
Import Error for bcftools Compressed Files Ouverte

Difficulté 4/5 3-5 jours Accessibilité débutants 35/100

Bioconductor/VariantAnnotation#32 · 1 commentaire · 7 réactions · Ouverte le 5/8/2019
Ambiguous Description of Ellipsis for readVcf Ouverte

Difficulté 2/5 1-3 heures Accessibilité débutants 40/100

Bioconductor/VariantAnnotation#31 · Ouverte le 1/8/2019
Can I read in a VCF "file" as a character string? Ouverte

Difficulté 4/5 3-5 jours Accessibilité débutants 35/100

Bioconductor/VariantAnnotation#28 · 1 commentaire · Ouverte le 15/4/2019
Create protein sequences including variants from a VCF file Ouverte

Difficulté 5/5 Plus d'une semaine Accessibilité débutants 25/100

Bioconductor/VariantAnnotation#24 · 3 commentaires · Ouverte le 8/3/2019
Filtering VCF by ranges Ouverte

Difficulté 5/5 Plus d'une semaine Accessibilité débutants 25/100

Bioconductor/VariantAnnotation#5 · Ouverte le 14/2/2018
merging VCF objects Ouverte

Difficulté 5/5 Plus d'une semaine Accessibilité débutants 25/100

Bioconductor/VariantAnnotation#3 · 9 commentaires · 2 réactions · Ouverte le 23/1/2018

Bioconductor/VariantAnnotation

Recevez les nouvelles issues par e-mail