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Filtering VCF by ranges

Offen
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Dieses Issue hat noch niemand übernommen.

Bewertung

Schwierigkeit
5/5
Geschätzter Aufwand
Über eine Woche
Anfängerfreundlichkeit
25/100
Issue-Typ
Feature
Klarheit
Muss geklärt werden
Aktivitätsstatus
Veraltet
Tech-Stack
r
Bereich
bioinformatics

Rechercherichtung

Beginne mit dem Lesen von filterVcf() und des im Issue beschriebenen GenomicFiles-Reduktionsansatzes. Kläre, wie die bereichsbasierte Iteration mit inkrementeller Filterung und funktionaler, nebenwirkungsfreier Verarbeitung interagieren sollte. Der Abschluss sollte ein vereinbartes Verhalten für die Bereichsfilterung umfassen, statt nur nach der Anzahl der yield-Werte zu filtern.

Vom Indexierungsmodell aus dem Issue-Text verfasst.

Beschreibung

Would be useful to filter a VCF incrementally by range. Range-based iteration makes sense when e.g. removing duplicates. Right now filterVcf() only works by yield count. The GenomicFiles package makes reduction easier but not necessarily filtering at the file level. At least, side effects are undesirable in that functional framework.

Vorherrschende Sprache
R
Sterne
32
Forks
21
Keine gemergten PRs in 30 T.

Beitragsleitfaden

Für dieses Repository ist kein Beitragsleitfaden indexiert

Erste Schritte

  1. Lesen Sie das ganze Issue und danach den Beitragsleitfaden des Projekts.
  2. Schreiben Sie ins Issue, dass Sie es übernehmen — das erspart doppelte Arbeit.
  3. Forken Sie das Repository und arbeiten Sie in einem Branch.
  4. Öffnen Sie einen Pull Request, der die Issue-Nummer nennt.

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