Import Error for bcftools Compressed Files

Offen

#32 erstellt am 05.8.2019 1 Kommentar 7 Reaktionen 0 zugewiesene Personen Auf GitHub ansehen

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Bewertung

Schwierigkeit: 4/5
Geschätzter Aufwand: 3-5 Tage
Anfängerfreundlichkeit: 35/100

Issue-Typ: Bug
Klarheit: Größtenteils klar
Aktivitätsstatus: Veraltet
Tech-Stack: r
Bereich: bioinformatics

Rechercherichtung

Reproduziere den Importfehler mit einer von bcftools unter Verwendung von -O z komprimierten VCF-Datei und vergleiche sie anschließend mit derselben Datei, die über die bgzip-Funktion von R dekomprimiert und erneut komprimiert wurde. Beginne damit, den VCF-Importpfad von VariantAnnotation und die Verarbeitung rund um scanBcfHeader(bf) und _hts_rewind() zu lokalisieren. Als erledigt gilt die Aufgabe, wenn mit bcftools komprimierte Dateien ohne den Workaround zur erneuten Komprimierung erfolgreich importiert werden.

Vom Indexierungsmodell aus dem Issue-Text verfasst.

Beschreibung

VCF files that are filtered using bcftools and have their data compressed by specifying -O z as part of the command can't be imported into R because of the error "scanBcfHeader(bf) : [internal] _hts_rewind() failed". Decompressing the file and re-compressing it using the R function bgzip enables it to be successfully imported, but it seems an inefficient workaround and it's unclear why it's required. This issue has been reported for an older version of VariantAnnotation #22

Vorherrschende Sprache: R
Sterne: 32
Forks: 21
PR-Merge-Kennzahlen: Keine gemergten PRs in 30 T.

Beitragsleitfaden

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Erste Schritte

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