writeVcf Output Causes IGV Errors from htsjdk
@jmg421 arbeitet bereits daran.
Seit 01.7.2026.
Bewertung
- Schwierigkeit
- 3/5
- Geschätzter Aufwand
- 1-2 Tage
- Anfängerfreundlichkeit
- 42/100
- Issue-Typ
- Bug
- Klarheit
- Größtenteils klar
- Aktivitätsstatus
- Veraltet
- Tech-Stack
- r
- Bereich
- bioinformatics
Rechercherichtung
Beginne am writeVcf-Einstiegspunkt und reproduziere die Teilmenge mit sieben Samples anhand der gemeldeten chr1:10150-Variante. Vergleiche das geschriebene ALT-Feld mit dem Original und validiere die resultierende VCF mit htsjdk oder IGV; abgeschlossen bedeutet, dass das Sternchen erhalten bleibt und die Ausgabe kein leeres Allel mehr enthält.
Vom Indexierungsmodell aus dem Issue-Text verfasst.
Beschreibung
I created a subset file with seven samples out of two thousand and saved it to disk. IGV won't open it.
htsjdk.tribble.TribbleException: The provided VCF file is malformed at approximately line number 3428: empty alleles are not permitted in VCF records, for input source
Using head and tail, the variant looks like
$ zcat example.vcf.bgz | head -n 3428 | tail -n 1
chr1 10150 chr1:10150:CTA:CA CTA CA,,TTA 1035.73 PASS
The original file does open successfully in IGV and looks like ($ zgrep 10150 example.vcf.gz | head -n 1)
chr1 10150 chr1:10150:CTA:CA CTA CA,*,TTA 1035.73 PASS
Should the package preserve the asterisks as they are and not blank them like it currently does?
- Vorherrschende Sprache
- R
- Sterne
- 32
- Forks
- 21
- PR-Merge-Kennzahlen
- Keine gemergten PRs in 30 T.
Entwicklungsumgebung
Dieses Projekt bietet weder Dev-Container noch Dockerfile noch Beitragsleitfaden – die Einrichtung liegt bei Ihnen. Beginnen Sie mit der README; die allgemeinen Schritte stehen in unserem Leitfaden für den ersten Beitrag.
Erste Schritte
- Lesen Sie das ganze Issue und danach den Beitragsleitfaden des Projekts.
- Schreiben Sie ins Issue, dass Sie es übernehmen — das erspart doppelte Arbeit.
- Forken Sie das Repository und arbeiten Sie in einem Branch.
- Öffnen Sie einen Pull Request, der die Issue-Nummer nennt.
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