Create protein sequences including variants from a VCF file
Dieses Issue hat noch niemand übernommen.
Bewertung
- Schwierigkeit
- 5/5
- Geschätzter Aufwand
- Über eine Woche
- Anfängerfreundlichkeit
- 25/100
- Issue-Typ
- Feature
- Klarheit
- Größtenteils klar
- Aktivitätsstatus
- Veraltet
- Tech-Stack
- r
- Bereich
- bioinformatics
Rechercherichtung
Beginnen Sie mit der Prüfung von VariantAnnotation::predictCoding(), des Referenz-Workflows von BSgenome und des verlinkten Bioconductor-Forumsbeitrags. Legen Sie fest, wie codierende Varianten, beginnend mit nicht-synonymen SNVs, translatiert und in Referenz-Proteom-FASTA-Sequenzen eingefügt werden sollen. Als abgeschlossen gilt die Aufgabe, wenn die angeforderte Funktionalität proteomeVariantInsertion() modifizierte FASTA-Ausgaben erzeugt und speichert.
Vom Indexierungsmodell aus dem Issue-Text verfasst.
Beschreibung
Dear BiocTeam,
I am investigating the proteome of human cancer samples and want to insert their genetic variations into the reference proteome fasta sequences to increase the sensitivity of my peptide/protein quantification.
Can you implement this "proteomeVariantInsertion()" in the VariantAnnotation package?
The VariantAnnotation::predictCoding() function already translates codons at variant positions from a reference BSgenome object to assess the consequences of a variant. I would like to take all coding variants (or just non-synonymous SNVs for a start) and insert them into the reference proteome, then save the modified fasta file.
See also my post in the Bioconductor forum.
Thanks,
Daniel
- Vorherrschende Sprache
- R
- Sterne
- 32
- Forks
- 21
- PR-Merge-Kennzahlen
- Keine gemergten PRs in 30 T.
Entwicklungsumgebung
Dieses Projekt bietet weder Dev-Container noch Dockerfile noch Beitragsleitfaden – die Einrichtung liegt bei Ihnen. Beginnen Sie mit der README; die allgemeinen Schritte stehen in unserem Leitfaden für den ersten Beitrag.
Erste Schritte
- Lesen Sie das ganze Issue und danach den Beitragsleitfaden des Projekts.
- Schreiben Sie ins Issue, dass Sie es übernehmen — das erspart doppelte Arbeit.
- Forken Sie das Repository und arbeiten Sie in einem Branch.
- Öffnen Sie einen Pull Request, der die Issue-Nummer nennt.
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