predictcoding - multiple mutations at a codon are never evaluated additively

Offen

#46 erstellt am 08.3.2021 1 Kommentar 0 Reaktionen 0 zugewiesene Personen Auf GitHub ansehen

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Bewertung

Schwierigkeit: 4/5
Geschätzter Aufwand: 3-5 Tage
Anfängerfreundlichkeit: 35/100

Issue-Typ: Feature
Klarheit: Größtenteils klar
Aktivitätsstatus: Veraltet
Tech-Stack: r
Bereich: bioinformatics

Rechercherichtung

Beginne mit dem Einstiegspunkt predictcoding() und reproduziere den gemeldeten HIV-Sequenzfall mit drei SNPs an aufeinanderfolgenden Positionen innerhalb eines Codons. Verfolge, wie REFAA und VARAA für dieses Codon ausgewertet werden, füge dann eine Abdeckung für die angeforderte Warnung hinzu und überprüfe, dass die Warnung erscheint, wenn Mutationen nicht additiv ausgewertet werden.

Vom Indexierungsmodell aus dem Issue-Text verfasst.

Beschreibung

I have HIV sequence data, where for three consecutive positions I have SNPS. These three all code for SNPS in the same codon.
predictcoding() returns the independently evaluated REFAA and VARAA, fine its expected behaviour. But a warning that "hey these variant amino acid mutations aren't true" would be nice!

Vorherrschende Sprache: R
Sterne: 32
Forks: 21
PR-Merge-Kennzahlen: Keine gemergten PRs in 30 T.

Beitragsleitfaden

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Erste Schritte

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