merging VCF objects

Offen

#3 erstellt am 23.1.2018 9 Kommentare 2 Reaktionen 0 zugewiesene Personen Auf GitHub ansehen

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Bewertung

Schwierigkeit: 5/5
Geschätzter Aufwand: Über eine Woche
Anfängerfreundlichkeit: 25/100

Issue-Typ: Feature
Klarheit: Größtenteils klar
Aktivitätsstatus: Veraltet
Tech-Stack: r
Bereich: bioinformatics

Rechercherichtung

Beginne damit zu überprüfen, wie VCF-Objekte und VRanges-Koerzierung Varianten, Samples, rowData(), colData(), info() und geno() darstellen. Vergleiche den vorgeschlagenen c()-Workflow mit dem aktuellen bcftools-Verhalten, insbesondere bei unterschiedlichen und überlappenden Varianten und Samples. Die Arbeit ist abgeschlossen, wenn ein definiertes Merge-Utility die angegebenen Metadatenunterscheidungen bewahrt und nicht übereinstimmende Assay-Werte mit NA füllt.

Vom Indexierungsmodell aus dem Issue-Text verfasst.

Beschreibung

It would be nice to have an efficient utility to merge two VCF objects that have differing (but often overlapping) sets of variants and samples. I guess the assay matrices would be filled with NAs. Maybe assume that the rowData() and colData() have the same columns, for now. Also assume that only the ranges and alt need to match (like VRanges matching). Currently we are using bcftools for this, but it would be nice to move to a more integrated workflow.

I guess a simple implementation would be to coerce the two (or more) VCF objects to VRanges objects, c() them together and then coerce back to VCF, preserving the info() and geno() distinction.

Vorherrschende Sprache: R
Sterne: 32
Forks: 21
PR-Merge-Kennzahlen: Keine gemergten PRs in 30 T.

Beitragsleitfaden

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Erste Schritte

Lesen Sie das ganze Issue und danach den Beitragsleitfaden des Projekts.
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