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`expand()` and non-standard rowRanges columns

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Bewertung

Schwierigkeit
3/5
Geschätzter Aufwand
1-2 Tage
Anfängerfreundlichkeit
45/100
Issue-Typ
Feature
Klarheit
Größtenteils klar
Aktivitätsstatus
Veraltet
Tech-Stack
r
Bereich
bioinformatics

Rechercherichtung

Reproduziere das bereitgestellte R-Beispiel mit VariantAnnotation und vergleiche rowRanges(vcf) vor und nach expand(vcf). Suche zunächst die Implementierung von expand() für CollapsedVCF; abgeschlossen ist die Aufgabe, wenn das expandierte Objekt nicht standardmäßige rowRanges-Spalten wie SNP_name und num_alts für jede resultierende Zeile beibehält.

Vom Indexierungsmodell aus dem Issue-Text verfasst.

Beschreibung

hi there,

is there a way to retain non-standard rowRanges columns when I use expand() on a CollapsedVCF object? Some demo code below.

If not, please can you consider this an enhancement request? thanks!

all the best,

Janet

library(VariantAnnotation)

vcf <- VCF(rowRanges = GRanges("chr1", IRanges(1:4*3, width=c(1, 2, 1, 1))))
alt(vcf) <- DNAStringSetList("A", c("TT"), c("G", "A"), c("TT", "C"))
ref(vcf) <- DNAStringSet(c("G", c("AA"), "T", "G"))

## add some non-standard columns to rowRanges
mcols(rowRanges(vcf))$SNP_name <- paste("SNP_", 1:length(vcf), sep="")
mcols(rowRanges(vcf))$num_alts <- elementNROWS(alt(vcf))

## take a look
rowRanges(vcf)

GRanges object with 4 ranges and 6 metadata columns:
      seqnames    ranges strand |    SNP_name  num_alts            REF                ALT      QUAL
         <Rle> <IRanges>  <Rle> | <character> <integer> <DNAStringSet> <DNAStringSetList> <numeric>
  [1]     chr1         3      * |       SNP_1         1              G                  A        NA
  [2]     chr1       6-7      * |       SNP_2         1             AA                 TT        NA
  [3]     chr1         9      * |       SNP_3         2              T                G,A        NA
  [4]     chr1        12      * |       SNP_4         2              G               TT,C        NA
           FILTER
      <character>
  [1]        <NA>
  [2]        <NA>
  [3]        <NA>
  [4]        <NA>
  -------
  seqinfo: 1 sequence from an unspecified genome; no seqlengths


## those extra columns are lost when we expand
vcfLong <- expand(vcf)
rowRanges(vcfLong)
rowRanges(vcfLong)

GRanges object with 6 ranges and 4 metadata columns:
      seqnames    ranges strand |            REF            ALT      QUAL      FILTER
         <Rle> <IRanges>  <Rle> | <DNAStringSet> <DNAStringSet> <numeric> <character>
  [1]     chr1         3      * |              G              A        NA        <NA>
  [2]     chr1       6-7      * |             AA             TT        NA        <NA>
  [3]     chr1         9      * |              T              G        NA        <NA>
  [4]     chr1         9      * |              T              A        NA        <NA>
  [5]     chr1        12      * |              G             TT        NA        <NA>
  [6]     chr1        12      * |              G              C        NA        <NA>
  -------
  seqinfo: 1 sequence from an unspecified genome; no seqlengths
Vorherrschende Sprache
R
Sterne
32
Forks
21
Keine gemergten PRs in 30 T.

Entwicklungsumgebung

Die Einrichtungsdateien dieses Projekts haben wir noch nicht geprüft. Beginnen Sie mit der README; die allgemeinen Schritte stehen in unserem Leitfaden für den ersten Beitrag.

Erste Schritte

  1. Lesen Sie das ganze Issue und danach den Beitragsleitfaden des Projekts.
  2. Schreiben Sie ins Issue, dass Sie es übernehmen — das erspart doppelte Arbeit.
  3. Forken Sie das Repository und arbeiten Sie in einem Branch.
  4. Öffnen Sie einen Pull Request, der die Issue-Nummer nennt.

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