Can I read in a VCF "file" as a character string?
Avaliação
- Dificuldade
- 4/5
- Tempo estimado
- 3-5 dias
- Facilidade para iniciantes
- 35/100
- Tipo de issue
- Funcionalidade
- Clareza
- Razoavelmente clara
- Status de atividade
- Estagnada
- Stack de tecnologia
- r
- Domínio
- bioinformatics
Direção de pesquisa
Comece pelo ponto de entrada readVCF e inspecione como ele aceita nomes de arquivos e constrói um objeto CollapsedVCF. A tarefa estará concluída quando uma string VCF puder ser passada diretamente sem criar um arquivo temporário, inclusive para entradas grandes; verifique primeiro o comportamento existente de readVCF e os testes relevantes.
Escrita pelo modelo de indexação a partir do texto da issue.
Descrição
First off, thanks for an excellent tool.
This is a bit of a niche issue, but I was wondering is it possible to pass readVCF a character string instead of a filename?
I have a database in which VCF files have been inserted as a blob variable. My current implementation:
- Reads the VCF character string from the database
- Writes it to a tempfile
- Passes the tempfile to readVCF to create a CollapsedVCF object
- Deletes the temp file
For the most part, this isn't too much of a performance hit, but I have some 100+ mb VCF files in which the file i/o takes longer than I would like. If I could go directly from character string to CollapsedVCF it would be much more efficient.
- Linguagem predominante
- R
- Estrelas
- 32
- Forks
- 21
- Métricas de merge de PRs
- Nenhum PR com merge em 30d
Preparar o ambiente
Este projeto não oferece contêiner de desenvolvimento, Dockerfile nem guia de contribuição, então a configuração fica por sua conta: comece pelo README e veja nosso guia da primeira contribuição para os passos gerais.
Primeiros passos
- Leia a issue inteira e depois o guia de contribuição do projeto.
- Comente na issue dizendo que vai assumir — evita que duas pessoas façam o mesmo trabalho.
- Faça um fork do repositório e trabalhe em uma branch.
- Abra um pull request que referencie o número da issue.
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