Create protein sequences including variants from a VCF file
Ninguém assumiu esta issue ainda.
Avaliação
- Dificuldade
- 5/5
- Tempo estimado
- Mais de uma semana
- Facilidade para iniciantes
- 25/100
- Tipo de issue
- Funcionalidade
- Clareza
- Razoavelmente clara
- Status de atividade
- Estagnada
- Stack de tecnologia
- r
- Domínio
- bioinformatics
Direção de pesquisa
Comece revisando VariantAnnotation::predictCoding(), o workflow de referência do BSgenome e a publicação vinculada no fórum do Bioconductor. Defina como as variantes codificantes, começando pelos SNVs não sinônimos, devem ser traduzidas e inseridas nas sequências FASTA do proteoma de referência. Considera-se concluído quando a funcionalidade solicitada proteomeVariantInsertion() produzir e salvar uma saída FASTA modificada.
Escrita pelo modelo de indexação a partir do texto da issue.
Descrição
Dear BiocTeam,
I am investigating the proteome of human cancer samples and want to insert their genetic variations into the reference proteome fasta sequences to increase the sensitivity of my peptide/protein quantification.
Can you implement this "proteomeVariantInsertion()" in the VariantAnnotation package?
The VariantAnnotation::predictCoding() function already translates codons at variant positions from a reference BSgenome object to assess the consequences of a variant. I would like to take all coding variants (or just non-synonymous SNVs for a start) and insert them into the reference proteome, then save the modified fasta file.
See also my post in the Bioconductor forum.
Thanks,
Daniel
- Linguagem predominante
- R
- Estrelas
- 32
- Forks
- 21
- Métricas de merge de PRs
- Nenhum PR com merge em 30d
Preparar o ambiente
Este projeto não oferece contêiner de desenvolvimento, Dockerfile nem guia de contribuição, então a configuração fica por sua conta: comece pelo README e veja nosso guia da primeira contribuição para os passos gerais.
Primeiros passos
- Leia a issue inteira e depois o guia de contribuição do projeto.
- Comente na issue dizendo que vai assumir — evita que duas pessoas façam o mesmo trabalho.
- Faça um fork do repositório e trabalhe em uma branch.
- Abra um pull request que referencie o número da issue.
Mais de Bioconductor/VariantAnnotation
-
refactor the packageAberta
Dificuldade 5/5 Mais de uma semana Facilidade para iniciantes 25/100
Bioconductor/VariantAnnotation#115 · 4 comentários ·
-
what is the "covr" condition of this package?Talvez já em andamento @vjcitn assumiu há 97 dias. Aberta
Bioconductor/VariantAnnotation#114 · 1 reação · 2 responsáveis ·
-
produce false positive and false negative PRsTalvez já em andamento @jmg421 assumiu há 86 dias. Aberta
Dificuldade 5/5 Mais de uma semana Facilidade para iniciantes 35/100
Bioconductor/VariantAnnotation#113 · 2 comentários ·
-
possible problem parsing INFO description fieldTalvez já em andamento @jmg421 assumiu há 119 dias. Aberta
Dificuldade 3/5 1-2 dias Facilidade para iniciantes 35/100
-
Dificuldade 5/5 Mais de uma semana Facilidade para iniciantes 30/100
Bioconductor/VariantAnnotation#88 · 2 comentários ·
Todas as issues de Bioconductor/VariantAnnotation
Issues semelhantes
-
Dificuldade 2/5 1-3 horas Facilidade para iniciantes 78/100
-
Dificuldade 2/5 1-3 horas Facilidade para iniciantes 76/100
-
Add smvr alongside semverAberta
Dificuldade 1/5 Menos de uma hora Facilidade para iniciantes 78/100
-
Typos in schema fileAberta
Dificuldade 1/5 1-3 horas Facilidade para iniciantes 65/100
-
Dificuldade 2/5 1-3 horas Facilidade para iniciantes 69/100
Merck/metalite.ae#261 ·