Populate INFO column with VariantAnnotation::writeVcf
Avaliação
- Dificuldade
- 3/5
- Tempo estimado
- 1-2 dias
- Facilidade para iniciantes
- 35/100
- Tipo de issue
- Bug
- Clareza
- Razoavelmente clara
- Status de atividade
- Estagnada
- Stack de tecnologia
- r
- Domínio
- bioinformatics
Direção de pesquisa
Comece executando o exemplo de R fornecido e inspecione o objeto VRanges construído antes e depois de VariantAnnotation::writeVcf. Rastreie o ponto de entrada de writeVcf para verificar como INFO e as colunas extras são tratados. O trabalho estará concluído quando for explicado ou corrigido por que as entradas RSID solicitadas estão ausentes do VCF gerado.
Escrita pelo modelo de indexação a partir do texto da issue.
Descrição
Hi ,
I'm the creator of the MungeSumstats Bioconductor package in which we use VariantAnnotation::writeVcf as an output options for the formatted sumstats. I want to align the formatting of our sumstats to IEU OpenGWAS VCF, part of which means adding the RSIDs to the INFO column in the VCF. However, I can't seem to populate INFO with VariantAnnotation::writeVcf. Is there any way to do this?
An example:
#get example data
sumstats_dt <- MungeSumstats::formatted_example()
#convert to VRanges
gr <- to_granges(sumstats_dt)
message("Converting summary statistics to VRanges.")
gr$dummy <- "GWAS"
vr <- VariantAnnotation::makeVRangesFromGRanges(gr,
ref.field = "A1",
alt.field = "A2",
keep.extra.columns = TRUE,
sampleNames.field = "dummy"
)
#make SNP field into INFO
vr$INFO <- paste0("RSID=",vr$SNP)
vr$SNP <- NULL
#Output as VCF
VariantAnnotation::writeVcf(
obj = vr,
### Must supply filename without compression suffix
filename ="~/Downloads/test_vcf.vcf",
index = FALSE
)
#inspect
print(readLines("~/Downloads/test_vcf.vcf",100))
#INFO not populated
- Linguagem predominante
- R
- Estrelas
- 32
- Forks
- 21
- Métricas de merge de PRs
- Nenhum PR com merge em 30d
Preparar o ambiente
Este projeto não oferece contêiner de desenvolvimento, Dockerfile nem guia de contribuição, então a configuração fica por sua conta: comece pelo README e veja nosso guia da primeira contribuição para os passos gerais.
Primeiros passos
- Leia a issue inteira e depois o guia de contribuição do projeto.
- Comente na issue dizendo que vai assumir — evita que duas pessoas façam o mesmo trabalho.
- Faça um fork do repositório e trabalhe em uma branch.
- Abra um pull request que referencie o número da issue.
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