writeVcf Output Causes IGV Errors from htsjdk
@jmg421 já está trabalhando nisso.
Desde 1/7/2026.
Avaliação
- Dificuldade
- 3/5
- Tempo estimado
- 1-2 dias
- Facilidade para iniciantes
- 42/100
- Tipo de issue
- Bug
- Clareza
- Razoavelmente clara
- Status de atividade
- Estagnada
- Stack de tecnologia
- r
- Domínio
- bioinformatics
Direção de pesquisa
Comece no ponto de entrada writeVcf e reproduza o subconjunto de sete amostras usando a variante chr1:10150 reportada. Compare o campo ALT gravado com o original e valide o VCF resultante com htsjdk ou IGV; considera-se concluído quando o asterisco é preservado e a saída não contém mais um alelo vazio.
Escrita pelo modelo de indexação a partir do texto da issue.
Descrição
I created a subset file with seven samples out of two thousand and saved it to disk. IGV won't open it.
htsjdk.tribble.TribbleException: The provided VCF file is malformed at approximately line number 3428: empty alleles are not permitted in VCF records, for input source
Using head and tail, the variant looks like
$ zcat example.vcf.bgz | head -n 3428 | tail -n 1
chr1 10150 chr1:10150:CTA:CA CTA CA,,TTA 1035.73 PASS
The original file does open successfully in IGV and looks like ($ zgrep 10150 example.vcf.gz | head -n 1)
chr1 10150 chr1:10150:CTA:CA CTA CA,*,TTA 1035.73 PASS
Should the package preserve the asterisks as they are and not blank them like it currently does?
- Linguagem predominante
- R
- Estrelas
- 32
- Forks
- 21
- Métricas de merge de PRs
- Nenhum PR com merge em 30d
Preparar o ambiente
Este projeto não oferece contêiner de desenvolvimento, Dockerfile nem guia de contribuição, então a configuração fica por sua conta: comece pelo README e veja nosso guia da primeira contribuição para os passos gerais.
Primeiros passos
- Leia a issue inteira e depois o guia de contribuição do projeto.
- Comente na issue dizendo que vai assumir — evita que duas pessoas façam o mesmo trabalho.
- Faça um fork do repositório e trabalhe em uma branch.
- Abra um pull request que referencie o número da issue.
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