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expand Error data is NULL

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@jmg421 já está trabalhando nisso.

Desde 1/7/2026.

  • #100 de @jmg421 — aberto

Avaliação

Dificuldade
4/5
Tempo estimado
3-5 dias
Facilidade para iniciantes
35/100
Tipo de issue
Bug
Clareza
Precisa de esclarecimento
Status de atividade
Estagnada
Stack de tecnologia
r
Domínio
bioinformatics

Direção de pesquisa

Reproduza a falha lendo af-only-gnomad.hg38.vcf.gz com readVcf e chamando expand; em seguida, siga o traceback por .expandGeno e .expandAD. O issue estará resolvido quando este arquivo gnomAD for expandido sem o erro NULL-data, enquanto o exemplo do pacote continuar funcionando.

Escrita pelo modelo de indexação a partir do texto da issue.

Descrição

It doesn't happen with the package's example file but does with Genome Analysis ToolKit's gnomAD allele frequency file.

populationFreq <- readVcf("af-only-gnomad.hg38.vcf.gz")
expand(populationFreq)
  Error in array(vec, c(idxlen, xcols, 2L)) : 
  'data' must be of a vector type, was 'NULL'
> traceback()
6: array(vec, c(idxlen, xcols, 2L))
5: .expandAD(gvarR, length(idx), ncol(x))
4: .expandGeno(x, hdr, elt, idx)
Linguagem predominante
R
Estrelas
32
Forks
21
Nenhum PR com merge em 30d

Preparar o ambiente

Este projeto não oferece contêiner de desenvolvimento, Dockerfile nem guia de contribuição, então a configuração fica por sua conta: comece pelo README e veja nosso guia da primeira contribuição para os passos gerais.

Primeiros passos

  1. Leia a issue inteira e depois o guia de contribuição do projeto.
  2. Comente na issue dizendo que vai assumir — evita que duas pessoas façam o mesmo trabalho.
  3. Faça um fork do repositório e trabalhe em uma branch.
  4. Abra um pull request que referencie o número da issue.

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