readVcf does not recognize my vcf file?
Ninguém assumiu esta issue ainda.
Avaliação
- Dificuldade
- 3/5
- Tempo estimado
- 1-2 dias
- Facilidade para iniciantes
- 45/100
- Tipo de issue
- Bug
- Clareza
- Precisa de esclarecimento
- Status de atividade
- Pouca atividade
- Stack de tecnologia
- r
- Domínio
- bioinformatics
Direção de pesquisa
Comece com a chamada readVcf e o arquivo snvs_ baixado descrito no relatório. Inspecione o cabeçalho de entrada e compare-o com o formato de cabeçalho VCF esperado por readVcf; em seguida, verifique os comentários relacionados em busca de algum diagnóstico. O trabalho estará concluído quando for estabelecido se os arquivos não são compatíveis ou quando for identificada uma correção de compatibilidade reproduzível ou uma orientação.
Escrita pelo modelo de indexação a partir do texto da issue.
Descrição
Hi, when I use the readVcf command, I encounter an error that my input file is not recognized as a VCF. The specific command I am using and error is as follows:
> vcf <- readVcf('../../Downloads/dkfz_groebner_2018_exonic(1)/snvs_ICGC_MB64_somatic.vcf','hg19')
[E::COMPAT_bcf_hdr_read] Input is not detected as bcf or vcf format
Error in scanBcfHeader(bf) : no 'header' line "#CHROM POS ID..."?
The VCF files I am trying to read are downloaded from here; the error occurs with any of the files beginning with snvs_ that I have tested.
I am wondering if these VCF files are older / in a non-standard format that readVcf does not recognize? Please let me know what the issue may be or how I can solve it. Thanks!
- Linguagem predominante
- R
- Estrelas
- 32
- Forks
- 21
- Métricas de merge de PRs
- Nenhum PR com merge em 30d
Preparar o ambiente
Este projeto não oferece contêiner de desenvolvimento, Dockerfile nem guia de contribuição, então a configuração fica por sua conta: comece pelo README e veja nosso guia da primeira contribuição para os passos gerais.
Primeiros passos
- Leia a issue inteira e depois o guia de contribuição do projeto.
- Comente na issue dizendo que vai assumir — evita que duas pessoas façam o mesmo trabalho.
- Faça um fork do repositório e trabalhe em uma branch.
- Abra um pull request que referencie o número da issue.
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