API to change output suffix to .gz
Avaliação
- Dificuldade
- 3/5
- Tempo estimado
- 1-2 dias
- Facilidade para iniciantes
- 45/100
- Tipo de issue
- Bug
- Clareza
- Razoavelmente clara
- Status de atividade
- Estagnada
- Stack de tecnologia
- r
- Domínio
- bioinformatics
Direção de pesquisa
Comece localizando a implementação de writeVcf() e os testes relacionados. Verifique como index=TRUE trata os nomes de saída .vcf, .vcf.bgz e .vcf.gz. Está concluído quando um caminho .vcf.gz solicitado é gravado conforme especificado, sem ser alterado silenciosamente para .vcf.bgz, e há testes cobrindo esses casos.
Escrita pelo modelo de indexação a partir do texto da issue.
Descrição
The majority of VCF handling bioinformatics libraries use a .vcf.gz suffix, even for block gziped output. writeVcf() with index=TRUE does not support this and forceably sets the suffix to .bgz.
The following commands do exactly the same thing:
writeVcf(vcf, "example.vcf", index=TRUE)
writeVcf(vcf, "example.vcf.bgz", index=TRUE)
writeVcf(vcf, "example.vcf.gz", index=TRUE)
Desired behaviour: specifying a .vcf.gz as the output file, actually writes to the output file instead of silently changing the suffix of the output file to .vcf.bgz.
- Linguagem predominante
- R
- Estrelas
- 32
- Forks
- 21
- Métricas de merge de PRs
- Nenhum PR com merge em 30d
Preparar o ambiente
Este projeto não oferece contêiner de desenvolvimento, Dockerfile nem guia de contribuição, então a configuração fica por sua conta: comece pelo README e veja nosso guia da primeira contribuição para os passos gerais.
Primeiros passos
- Leia a issue inteira e depois o guia de contribuição do projeto.
- Comente na issue dizendo que vai assumir — evita que duas pessoas façam o mesmo trabalho.
- Faça um fork do repositório e trabalhe em uma branch.
- Abra um pull request que referencie o número da issue.
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