predictcoding - multiple mutations at a codon are never evaluated additively
Avaliação
- Dificuldade
- 4/5
- Tempo estimado
- 3-5 dias
- Facilidade para iniciantes
- 35/100
- Tipo de issue
- Funcionalidade
- Clareza
- Razoavelmente clara
- Status de atividade
- Estagnada
- Stack de tecnologia
- r
- Domínio
- bioinformatics
Direção de pesquisa
Comece pelo ponto de entrada predictcoding() e reproduza o caso de sequência de HIV relatado usando três SNPs em posições consecutivas dentro de um códon. Rastreie como REFAA e VARAA são avaliados para esse códon, depois adicione cobertura para o aviso solicitado e verifique se o aviso aparece quando as mutações não são avaliadas de forma aditiva.
Escrita pelo modelo de indexação a partir do texto da issue.
Descrição
I have HIV sequence data, where for three consecutive positions I have SNPS. These three all code for SNPS in the same codon.
predictcoding() returns the independently evaluated REFAA and VARAA, fine its expected behaviour. But a warning that "hey these variant amino acid mutations aren't true" would be nice!
- Linguagem predominante
- R
- Estrelas
- 32
- Forks
- 21
- Métricas de merge de PRs
- Nenhum PR com merge em 30d
Preparar o ambiente
Este projeto não oferece contêiner de desenvolvimento, Dockerfile nem guia de contribuição, então a configuração fica por sua conta: comece pelo README e veja nosso guia da primeira contribuição para os passos gerais.
Primeiros passos
- Leia a issue inteira e depois o guia de contribuição do projeto.
- Comente na issue dizendo que vai assumir — evita que duas pessoas façam o mesmo trabalho.
- Faça um fork do repositório e trabalhe em uma branch.
- Abra um pull request que referencie o número da issue.
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