Filtering VCF by ranges
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Avaliação
- Dificuldade
- 5/5
- Tempo estimado
- Mais de uma semana
- Facilidade para iniciantes
- 25/100
- Tipo de issue
- Funcionalidade
- Clareza
- Precisa de esclarecimento
- Status de atividade
- Estagnada
- Stack de tecnologia
- r
- Domínio
- bioinformatics
Direção de pesquisa
Comece lendo filterVcf() e a abordagem de redução de GenomicFiles descrita na issue. Esclareça como a iteração baseada em intervalos deve interagir com a filtragem incremental e o processamento funcional sem efeitos colaterais. A conclusão deve incluir um comportamento acordado para a filtragem por intervalos, em vez de filtrar apenas pela contagem de yield.
Escrita pelo modelo de indexação a partir do texto da issue.
Descrição
Would be useful to filter a VCF incrementally by range. Range-based iteration makes sense when e.g. removing duplicates. Right now filterVcf() only works by yield count. The GenomicFiles package makes reduction easier but not necessarily filtering at the file level. At least, side effects are undesirable in that functional framework.
- Linguagem predominante
- R
- Estrelas
- 32
- Forks
- 21
- Métricas de merge de PRs
- Nenhum PR com merge em 30d
Preparar o ambiente
Este projeto não oferece contêiner de desenvolvimento, Dockerfile nem guia de contribuição, então a configuração fica por sua conta: comece pelo README e veja nosso guia da primeira contribuição para os passos gerais.
Primeiros passos
- Leia a issue inteira e depois o guia de contribuição do projeto.
- Comente na issue dizendo que vai assumir — evita que duas pessoas façam o mesmo trabalho.
- Faça um fork do repositório e trabalhe em uma branch.
- Abra um pull request que referencie o número da issue.
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