ga4gh/vrs-python

Vedi su GitHub

GA4GH Variation Representation Python Implementation

Stelle: 63
Fork: 43
Issue aperte per principianti: 2
Issue indicizzate: 68
Merge medio: 1h 2m
PR unite (30g): 1

Lingua principale: Python
Licenza: Apache-2.0
Ultimo push su GitHub: 14/8/2026
Ultima indicizzazione: 16/9/2026
Guida per i contributori: Nessuna guida per i contributori
Codice di condotta: Nessun codice di condotta
Label per principianti: Nessuna label per principianti indicizzata

Adatte ai principianti Tutto

Aperta Tutte

Update to `pysam>=0.24.0` Aperta

Difficoltà 2/5 1-3 ore Idoneità per principianti 68/100

ga4gh/vrs-python#653 · 2 reazioni · Aperta il 1/9/2026
Update models to reflect new gkm-core and vrs minor releases Aperta

enhancement

ga4gh/vrs-python#651 · 1 commento · 1 assegnatario · Aperta il 1/9/2026
Add Relative Allele Normalization Aperta

ga4gh/vrs-python#641 · 1 assegnatario · Aperta il 16/7/2026
Add Adjacency Normalization Aperta

Difficoltà 5/5 Più di una settimana Idoneità per principianti 35/100

ga4gh/vrs-python#640 · Aperta il 16/7/2026
Add support for switching RLE subunit between largest and smallest Aperta

ga4gh/vrs-python#637 · 1 commento · 1 assegnatario · Aperta il 5/6/2026
Support to_hgvs for protein variants Aperta

enhancement priority:low

Difficoltà 3/5 1-2 giorni Idoneità per principianti 52/100

ga4gh/vrs-python#633 · 1 commento · Aperta il 30/4/2026
`HgvsTools.is_intronic` misses intronic `r.` (RNA) variants Aperta

bug v3

Difficoltà 2/5 1-3 ore Idoneità per principianti 58/100

ga4gh/vrs-python#628 · 1 commento · Aperta il 17/4/2026
Add Adjacency Translator Aperta

enhancement

ga4gh/vrs-python#627 · 1 assegnatario · Aperta il 17/4/2026
Replace `DataProxy.get_metadata` with `get_length` and `get_aliases` Aperta

Difficoltà 4/5 3-5 giorni Idoneità per principianti 45/100

ga4gh/vrs-python#624 · 4 commenti · 1 reazione · Aperta il 14/4/2026
Rename translate from/to Aperta

Difficoltà 5/5 Più di una settimana Idoneità per principianti 25/100

ga4gh/vrs-python#623 · 1 commento · Aperta il 13/4/2026
Translator should support HGVS splice variants Aperta

ga4gh/vrs-python#612 · 1 assegnatario · Aperta il 3/2/2026
Add translator support for uncertain range HGVS expressions Aperta

ga4gh/vrs-python#609 · 1 assegnatario · Aperta il 23/1/2026
Subclass of AbstractVcfAnnotator can decide to abort annotation Aperta

Difficoltà 3/5 1-2 giorni Idoneità per principianti 45/100

ga4gh/vrs-python#605 · Aperta il 2/1/2026
Investigate integrating with DuckDB/Object storage vs. postgres requirement Aperta

v3

ga4gh/vrs-python#600 · 1 commento · 1 assegnatario · Aperta il 17/12/2025
Integrate seqrepo builds from github actions to vrs-in-a-box Aperta

Difficoltà 4/5 3-5 giorni Idoneità per principianti 45/100

ga4gh/vrs-python#599 · Aperta il 17/12/2025
RLE_SEQ_LIMIT should be configurable Aperta

Difficoltà 4/5 3-5 giorni Idoneità per principianti 35/100

ga4gh/vrs-python#598 · 1 reazione · Aperta il 15/12/2025
Add a function to recursively add IDs to a VRS object and every contained identifiable object Aperta

enhancement

Difficoltà 4/5 3-5 giorni Idoneità per principianti 38/100

ga4gh/vrs-python#596 · 2 commenti · 1 reazione · Aperta il 4/12/2025
Create VcfReader class or standalone function which takes INFO key-value pairs and reconstructs VRS Alleles Aperta

Difficoltà 5/5 Più di una settimana Idoneità per principianti 35/100

ga4gh/vrs-python#595 · 1 commento · 1 reazione · Aperta il 3/12/2025
hgvs to vrs conversion fails with repeat sequence notation Aperta

Difficoltà 3/5 1-2 giorni Idoneità per principianti 42/100

ga4gh/vrs-python#582 · 1 commento · Aperta il 18/9/2025
Upgrade to hgvs 2.0.0a0 Aperta

build v3

ga4gh/vrs-python#579 · 2 commenti · 1 reazione · 1 assegnatario · Aperta il 15/8/2025
Add additional input/output methods to the `vrs-annotate` CLI Aperta

Difficoltà 4/5 3-5 giorni Idoneità per principianti 45/100

ga4gh/vrs-python#572 · 1 commento · Aperta il 24/7/2025
Add VRS annotator example workflows Aperta

Difficoltà 2/5 1-3 ore Idoneità per principianti 38/100

ga4gh/vrs-python#571 · 2 commenti · Aperta il 23/7/2025
Set up docker builds and publishing to `ga4gh` dockerhub namespace Aperta

Difficoltà 4/5 3-5 giorni Idoneità per principianti 20/100

ga4gh/vrs-python#570 · 2 commenti · Aperta il 23/7/2025
VCF annotator should have additional options/behavior in case where input already has annotations Aperta

VCF annotator

Difficoltà 5/5 Più di una settimana Idoneità per principianti 25/100

ga4gh/vrs-python#557 · Aperta il 25/6/2025
Replace ndjson with jsonl Aperta

enhancement

Difficoltà 2/5 1-3 ore Idoneità per principianti 45/100

ga4gh/vrs-python#554 · 4 commenti · Aperta il 5/6/2025
Create a bioconda::vrs-python package Aperta

Difficoltà 4/5 3-5 giorni Idoneità per principianti 25/100

ga4gh/vrs-python#553 · 2 commenti · Aperta il 28/5/2025
Make vrs-python usable for genomic variant normalization without installing postgresql dependencies Aperta

Difficoltà 3/5 1-2 giorni Idoneità per principianti 45/100

ga4gh/vrs-python#551 · 3 commenti · Aperta il 23/4/2025
Make a RefgetDataProxy Aperta

v3

ga4gh/vrs-python#550 · 2 commenti · 1 assegnatario · Aperta il 18/4/2025
Add hosted docs Aperta

documentation priority:high

Difficoltà 5/5 Più di una settimana Idoneità per principianti 25/100

ga4gh/vrs-python#548 · 2 commenti · Aperta il 16/4/2025
Streamline VCF annotator ABC definition Aperta

VCF annotator

Difficoltà 5/5 Più di una settimana Idoneità per principianti 25/100

ga4gh/vrs-python#546 · Aperta il 14/4/2025
Change seqrepo dataproxy env vars to all use SEQREPO_DATAPROXY_URI Aperta

Difficoltà 2/5 1-3 ore Idoneità per principianti 78/100

ga4gh/vrs-python#540 · 8 commenti · Aperta il 9/4/2025
Add issue templates Aperta

chore priority:medium

Difficoltà 2/5 1-3 ore Idoneità per principianti 45/100

ga4gh/vrs-python#538 · 1 commento · Aperta il 4/4/2025
Support MAF ingestion/annotation Aperta

priority:low

Difficoltà 5/5 Più di una settimana Idoneità per principianti 25/100

ga4gh/vrs-python#512 · 2 commenti · Aperta il 1/3/2025
Input type issues in using `Translator` to translate from VRS Aperta

bug VRS translator

Difficoltà 4/5 3-5 giorni Idoneità per principianti 48/100

ga4gh/vrs-python#489 · 2 commenti · Aperta il 3/2/2025
Fix `HgvsTools.close()` Aperta

VRS translator

Difficoltà 5/5 Più di una settimana Idoneità per principianti 35/100

ga4gh/vrs-python#488 · 2 commenti · Aperta il 3/2/2025
`translator` to/from methods should be public Aperta

VRS translator

Difficoltà 3/5 1-2 giorni Idoneità per principianti 42/100

ga4gh/vrs-python#481 · 1 commento · 1 reazione · Aperta il 30/1/2025
Decouple `test_cnv_translator` and `test_allele_translator` Aperta

test VRS translator

Difficoltà 3/5 1-2 giorni Idoneità per principianti 35/100

ga4gh/vrs-python#479 · 5 commenti · Aperta il 30/1/2025
Add `expressions` in AlleleTranslator and CnvTranslator `_from*` methods Aperta

Difficoltà 4/5 3-5 giorni Idoneità per principianti 35/100

ga4gh/vrs-python#478 · 4 commenti · 2 reazioni · Aperta il 30/1/2025
Require python >= 3.11 Aperta

build priority:low

ga4gh/vrs-python#477 · 6 commenti · 1 assegnatario · Aperta il 25/1/2025
Translator API/misc improvements Aperta

enhancement VRS translator

Difficoltà 5/5 Più di una settimana Idoneità per principianti 30/100

ga4gh/vrs-python#475 · 2 commenti · 1 reazione · Aperta il 24/12/2024
Remove `ga4gh:` prefix from VCF annotations? Aperta

enhancement question VCF annotator

Difficoltà 5/5 Più di una settimana Idoneità per principianti 30/100

ga4gh/vrs-python#470 · 5 commenti · Aperta il 9/12/2024
Provide maturity annotation for classes and fields Aperta

enhancement

ga4gh/vrs-python#466 · 1 assegnatario · Aperta il 15/11/2024
Bug in the developer installation instructions Aperta

documentation Product Review

Difficoltà 1/5 Meno di un'ora Idoneità per principianti 55/100

ga4gh/vrs-python#457 · 2 commenti · Aperta il 31/10/2024
`ga4gh_identify` adds `digest` properties in-place regardless of `in_place` argument Aperta

bug question

Difficoltà 3/5 1-2 giorni Idoneità per principianti 45/100

ga4gh/vrs-python#440 · 2 commenti · Aperta il 25/7/2024
setup a list of unique variant examples for the basis of testing Aperta

Difficoltà 3/5 1-2 giorni Idoneità per principianti 45/100

ga4gh/vrs-python#437 · 2 commenti · Aperta il 18/7/2024
Provide way to stop normalization if the expression is obviously problematic (such as deletions in large gap/unknown regions) Aperta

Difficoltà 4/5 3-5 giorni Idoneità per principianti 35/100

ga4gh/vrs-python#397 · 5 commenti · Aperta il 11/4/2024
Where and how to define the `data_proxy` interface Aperta

2.0-alpha technical debt

Difficoltà 5/5 Più di una settimana Idoneità per principianti 25/100

ga4gh/vrs-python#390 · 6 commenti · Aperta il 10/4/2024
Redefine extra dependency groups Aperta

2.0-alpha technical debt

Difficoltà 5/5 Più di una settimana Idoneità per principianti 20/100

ga4gh/vrs-python#389 · 6 commenti · 1 reazione · Aperta il 10/4/2024
Add hgvs parsing support for `Range` based SequenceLocations Aperta

enhancement priority:high VRS translator

ga4gh/vrs-python#381 · 5 commenti · 1 assegnatario · Aperta il 3/4/2024
hgvs to vrs is returning valid results when hgvs has `IncorrectReferenceAllele` Aperta

bug priority:high VRS translator

Difficoltà 3/5 1-2 giorni Idoneità per principianti 45/100

ga4gh/vrs-python#364 · 2 commenti · Aperta il 15/3/2024

ga4gh/vrs-python

Ricevi le nuove issue nella tua casella