Support to_hgvs for protein variants
I maintainer di solito rispondono entro 1 giorno
Valutazione
- Difficoltà
- 3/5
- Tempo stimato
- 1-2 giorni
- Idoneità per principianti
- 52/100
- Tipo di issue
- Funzionalità
- Chiarezza
- Abbastanza chiara
- Stato di attività
- Tranquilla
- Stack tecnologico
- python
- Ambito
- bioinformatics
Direzione di ricerca
Inizia individuando l’entry point to_hgvs esistente e verificando come l’esempio YAML di Allele rappresenta una modifica di un singolo residuo proteico. Confronta il suo output con l’esempio ClinVar all’URL NCBI collegato; il lavoro è completato quando questo caso produce NP_060204.1:p.Val261Ala, mentre il supporto rimane limitato alle modifiche di un singolo residuo proteico.
Scritto dal modello di indicizzazione a partire dal testo della issue.
Descrizione
Example:
https://www.ncbi.nlm.nih.gov/clinvar/variation/2274894
id: ga4gh:VA.AIm-GH_iqp_bpcIVzi431fl7z-cQimNN
type: Allele
digest: AIm-GH_iqp_bpcIVzi431fl7z-cQimNN
location:
id: ga4gh:SL.wgFs8Z2Nk4uD7nq_gFbdYH1FhagXkMhL
type: SequenceLocation
digest: wgFs8Z2Nk4uD7nq_gFbdYH1FhagXkMhL
sequenceReference:
type: SequenceReference
refgetAccession: SQ.dvlWjX2CGulwfb2ehmkCFn02ah7tEEVB
start: 260
end: 261
state:
type: LiteralSequenceExpression
sequence: A
Should come out as NP_060204.1:p.Val261Ala.
For now only support this for single-protein-residue changes.
- Lingua principale
- Python
- Stelle
- 64
- Fork
- 44
- Merge medio
- 3g 2h
- PR unite (30g)
- 6
Preparare l'ambiente
Avvia il container di sviluppo del progetto nel browser, con il tuo account GitHub.
- Include un Dockerfile o un file Docker Compose
- Nessun modello di pull request
- Nessuna guida per i contributori
Come iniziare
- Leggi tutta la issue e poi la guida ai contributi del progetto.
- Commenta sulla issue per dire che te ne occupi tu — evita che due persone facciano lo stesso lavoro.
- Fai un fork del repository e lavora su un branch.
- Apri una pull request che faccia riferimento al numero della issue.
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