ga4gh/vrs-python

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GA4GH Variation Representation Python Implementation

スター: 63
フォーク: 43
オープンの初心者向け issue: 2
索引済み issue: 68
平均マージ: 1時間 2分
マージ済み PR（30日）: 1

主要言語: Python
ライセンス: Apache-2.0
最終 GitHub push: 2026年8月14日
最新の索引: 2026年9月16日
コントリビューションガイド: コントリビューションガイドがありません
行動規範: 行動規範がありません
初心者向けラベル: 初心者向けラベルは索引されていません

初心者向けすべて

オープンすべて

Update to `pysam>=0.24.0` オープン

難易度 2/5 1〜3時間初心者へのやさしさ 68/100

ga4gh/vrs-python#653 · リアクション 2 件 · 2026年9月1日に作成
Update models to reflect new gkm-core and vrs minor releases オープン

enhancement

ga4gh/vrs-python#651 · コメント 1 件 · 担当者 1 名 · 2026年9月1日に作成
Add Relative Allele Normalization オープン

ga4gh/vrs-python#641 · 担当者 1 名 · 2026年7月16日に作成
Add Adjacency Normalization オープン

難易度 5/5 1週間以上初心者へのやさしさ 35/100

ga4gh/vrs-python#640 · 2026年7月16日に作成
Add support for switching RLE subunit between largest and smallest オープン

ga4gh/vrs-python#637 · コメント 1 件 · 担当者 1 名 · 2026年6月5日に作成
Support to_hgvs for protein variants オープン

enhancement priority:low

難易度 3/5 1〜2日初心者へのやさしさ 52/100

ga4gh/vrs-python#633 · コメント 1 件 · 2026年4月30日に作成
`HgvsTools.is_intronic` misses intronic `r.` (RNA) variants オープン

bug v3

難易度 2/5 1〜3時間初心者へのやさしさ 58/100

ga4gh/vrs-python#628 · コメント 1 件 · 2026年4月17日に作成
Add Adjacency Translator オープン

enhancement

ga4gh/vrs-python#627 · 担当者 1 名 · 2026年4月17日に作成
Replace `DataProxy.get_metadata` with `get_length` and `get_aliases` オープン

難易度 4/5 3〜5日初心者へのやさしさ 45/100

ga4gh/vrs-python#624 · コメント 4 件 · リアクション 1 件 · 2026年4月14日に作成
Rename translate from/to オープン

難易度 5/5 1週間以上初心者へのやさしさ 25/100

ga4gh/vrs-python#623 · コメント 1 件 · 2026年4月13日に作成
Translator should support HGVS splice variants オープン

ga4gh/vrs-python#612 · 担当者 1 名 · 2026年2月3日に作成
Add translator support for uncertain range HGVS expressions オープン

ga4gh/vrs-python#609 · 担当者 1 名 · 2026年1月23日に作成
Subclass of AbstractVcfAnnotator can decide to abort annotation オープン

難易度 3/5 1〜2日初心者へのやさしさ 45/100

ga4gh/vrs-python#605 · 2026年1月2日に作成
Investigate integrating with DuckDB/Object storage vs. postgres requirement オープン

v3

ga4gh/vrs-python#600 · コメント 1 件 · 担当者 1 名 · 2025年12月17日に作成
Integrate seqrepo builds from github actions to vrs-in-a-box オープン

難易度 4/5 3〜5日初心者へのやさしさ 45/100

ga4gh/vrs-python#599 · 2025年12月17日に作成
RLE_SEQ_LIMIT should be configurable オープン

難易度 4/5 3〜5日初心者へのやさしさ 35/100

ga4gh/vrs-python#598 · リアクション 1 件 · 2025年12月15日に作成
Add a function to recursively add IDs to a VRS object and every contained identifiable object オープン

enhancement

難易度 4/5 3〜5日初心者へのやさしさ 38/100

ga4gh/vrs-python#596 · コメント 2 件 · リアクション 1 件 · 2025年12月4日に作成
Create VcfReader class or standalone function which takes INFO key-value pairs and reconstructs VRS Alleles オープン

難易度 5/5 1週間以上初心者へのやさしさ 35/100

ga4gh/vrs-python#595 · コメント 1 件 · リアクション 1 件 · 2025年12月3日に作成
hgvs to vrs conversion fails with repeat sequence notation オープン

難易度 3/5 1〜2日初心者へのやさしさ 42/100

ga4gh/vrs-python#582 · コメント 1 件 · 2025年9月18日に作成
Upgrade to hgvs 2.0.0a0 オープン

build v3

ga4gh/vrs-python#579 · コメント 2 件 · リアクション 1 件 · 担当者 1 名 · 2025年8月15日に作成
Add additional input/output methods to the `vrs-annotate` CLI オープン

難易度 4/5 3〜5日初心者へのやさしさ 45/100

ga4gh/vrs-python#572 · コメント 1 件 · 2025年7月24日に作成
Add VRS annotator example workflows オープン

難易度 2/5 1〜3時間初心者へのやさしさ 38/100

ga4gh/vrs-python#571 · コメント 2 件 · 2025年7月23日に作成
Set up docker builds and publishing to `ga4gh` dockerhub namespace オープン

難易度 4/5 3〜5日初心者へのやさしさ 20/100

ga4gh/vrs-python#570 · コメント 2 件 · 2025年7月23日に作成
VCF annotator should have additional options/behavior in case where input already has annotations オープン

VCF annotator

難易度 5/5 1週間以上初心者へのやさしさ 25/100

ga4gh/vrs-python#557 · 2025年6月25日に作成
Replace ndjson with jsonl オープン

enhancement

難易度 2/5 1〜3時間初心者へのやさしさ 45/100

ga4gh/vrs-python#554 · コメント 4 件 · 2025年6月5日に作成
Create a bioconda::vrs-python package オープン

難易度 4/5 3〜5日初心者へのやさしさ 25/100

ga4gh/vrs-python#553 · コメント 2 件 · 2025年5月28日に作成
Make vrs-python usable for genomic variant normalization without installing postgresql dependencies オープン

難易度 3/5 1〜2日初心者へのやさしさ 45/100

ga4gh/vrs-python#551 · コメント 3 件 · 2025年4月23日に作成
Make a RefgetDataProxy オープン

v3

ga4gh/vrs-python#550 · コメント 2 件 · 担当者 1 名 · 2025年4月18日に作成
Add hosted docs オープン

documentation priority:high

難易度 5/5 1週間以上初心者へのやさしさ 25/100

ga4gh/vrs-python#548 · コメント 2 件 · 2025年4月16日に作成
Streamline VCF annotator ABC definition オープン

VCF annotator

難易度 5/5 1週間以上初心者へのやさしさ 25/100

ga4gh/vrs-python#546 · 2025年4月14日に作成
Change seqrepo dataproxy env vars to all use SEQREPO_DATAPROXY_URI オープン

難易度 2/5 1〜3時間初心者へのやさしさ 78/100

ga4gh/vrs-python#540 · コメント 8 件 · 2025年4月9日に作成
Add issue templates オープン

chore priority:medium

難易度 2/5 1〜3時間初心者へのやさしさ 45/100

ga4gh/vrs-python#538 · コメント 1 件 · 2025年4月4日に作成
Support MAF ingestion/annotation オープン

priority:low

難易度 5/5 1週間以上初心者へのやさしさ 25/100

ga4gh/vrs-python#512 · コメント 2 件 · 2025年3月1日に作成
Input type issues in using `Translator` to translate from VRS オープン

bug VRS translator

難易度 4/5 3〜5日初心者へのやさしさ 48/100

ga4gh/vrs-python#489 · コメント 2 件 · 2025年2月3日に作成
Fix `HgvsTools.close()` オープン

VRS translator

難易度 5/5 1週間以上初心者へのやさしさ 35/100

ga4gh/vrs-python#488 · コメント 2 件 · 2025年2月3日に作成
`translator` to/from methods should be public オープン

VRS translator

難易度 3/5 1〜2日初心者へのやさしさ 42/100

ga4gh/vrs-python#481 · コメント 1 件 · リアクション 1 件 · 2025年1月30日に作成
Decouple `test_cnv_translator` and `test_allele_translator` オープン

test VRS translator

難易度 3/5 1〜2日初心者へのやさしさ 35/100

ga4gh/vrs-python#479 · コメント 5 件 · 2025年1月30日に作成
Add `expressions` in AlleleTranslator and CnvTranslator `_from*` methods オープン

難易度 4/5 3〜5日初心者へのやさしさ 35/100

ga4gh/vrs-python#478 · コメント 4 件 · リアクション 2 件 · 2025年1月30日に作成
Require python >= 3.11 オープン

build priority:low

ga4gh/vrs-python#477 · コメント 6 件 · 担当者 1 名 · 2025年1月25日に作成
Translator API/misc improvements オープン

enhancement VRS translator

難易度 5/5 1週間以上初心者へのやさしさ 30/100

ga4gh/vrs-python#475 · コメント 2 件 · リアクション 1 件 · 2024年12月24日に作成
Remove `ga4gh:` prefix from VCF annotations? オープン

enhancement question VCF annotator

難易度 5/5 1週間以上初心者へのやさしさ 30/100

ga4gh/vrs-python#470 · コメント 5 件 · 2024年12月9日に作成
Provide maturity annotation for classes and fields オープン

enhancement

ga4gh/vrs-python#466 · 担当者 1 名 · 2024年11月15日に作成
Bug in the developer installation instructions オープン

documentation Product Review

難易度 1/5 1時間未満初心者へのやさしさ 55/100

ga4gh/vrs-python#457 · コメント 2 件 · 2024年10月31日に作成
`ga4gh_identify` adds `digest` properties in-place regardless of `in_place` argument オープン

bug question

難易度 3/5 1〜2日初心者へのやさしさ 45/100

ga4gh/vrs-python#440 · コメント 2 件 · 2024年7月25日に作成
setup a list of unique variant examples for the basis of testing オープン

難易度 3/5 1〜2日初心者へのやさしさ 45/100

ga4gh/vrs-python#437 · コメント 2 件 · 2024年7月18日に作成
Provide way to stop normalization if the expression is obviously problematic (such as deletions in large gap/unknown regions) オープン

難易度 4/5 3〜5日初心者へのやさしさ 35/100

ga4gh/vrs-python#397 · コメント 5 件 · 2024年4月11日に作成
Where and how to define the `data_proxy` interface オープン

2.0-alpha technical debt

難易度 5/5 1週間以上初心者へのやさしさ 25/100

ga4gh/vrs-python#390 · コメント 6 件 · 2024年4月10日に作成
Redefine extra dependency groups オープン

2.0-alpha technical debt

難易度 5/5 1週間以上初心者へのやさしさ 20/100

ga4gh/vrs-python#389 · コメント 6 件 · リアクション 1 件 · 2024年4月10日に作成
Add hgvs parsing support for `Range` based SequenceLocations オープン

enhancement priority:high VRS translator

ga4gh/vrs-python#381 · コメント 5 件 · 担当者 1 名 · 2024年4月3日に作成
hgvs to vrs is returning valid results when hgvs has `IncorrectReferenceAllele` オープン

bug priority:high VRS translator

難易度 3/5 1〜2日初心者へのやさしさ 45/100

ga4gh/vrs-python#364 · コメント 2 件 · 2024年3月15日に作成

ga4gh/vrs-python

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