ga4gh/vrs-python

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GA4GH Variation Representation Python Implementation

ga4gh/vrs-python 对新手友好吗？

近期首次贡献者向 ga4gh/vrs-python 提交的 PR 还不够多，暂时无法判断它们被合并的比例。目前有 2 个适合新手的 issue 开放。

星标: 63
派生: 43
开放的新手 issue: 2
已索引 issue: 68
平均合并: 1 小时 2 分钟
30 天内合并 PR: 1

主要语言: Python
许可证: Apache-2.0
最近 GitHub push: 2026年8月14日
最近索引: 2026年9月16日
贡献指南: 没有贡献指南
行为准则: 没有行为准则
新手标签: 没有已索引的新手标签

如何为 ga4gh/vrs-python 做贡献

这个项目没有贡献指南，可以先读 README，再看几个最近合并的 PR，了解改动是怎么提交的。
你的贡献将以该项目的 Apache-2.0 许可证发布。
从下方 2 个开放的新手友好 issue 中选一个，开始之前先留言说明你想认领它。

适合新手全部

未关闭全部

可能已有人在做的 issue 排在最后。全部按时间排序

Update to `pysam>=0.24.0`
未关闭
- 哪里不对？
难度 2/5 1-3 小时新手友好度 68/100

ga4gh/vrs-python#653 · 2 个 reaction · 2026年9月1日创建
Add Relative Allele Normalization
可能重新可做 @korikuzma 于 70 天前认领，目前没有进行中的 PR。未关闭
- 哪里不对？
ga4gh/vrs-python#641 · 已指派 1 人 · 2026年7月16日创建
Add Adjacency Normalization
未关闭
- 哪里不对？
难度 5/5 一周以上新手友好度 35/100

ga4gh/vrs-python#640 · 2026年7月16日创建
Add support for switching RLE subunit between largest and smallest
可能重新可做 @theferrit32 于 86 天前认领，目前没有进行中的 PR。未关闭
- 哪里不对？
ga4gh/vrs-python#637 · 1 条评论 · 已指派 1 人 · 2026年6月5日创建
Support to_hgvs for protein variants
未关闭
- 哪里不对？
enhancement priority:low

难度 3/5 1-2 天新手友好度 52/100

ga4gh/vrs-python#633 · 1 条评论 · 2026年4月30日创建
`HgvsTools.is_intronic` misses intronic `r.` (RNA) variants
未关闭
- 哪里不对？
bug v3

难度 2/5 1-3 小时新手友好度 58/100

ga4gh/vrs-python#628 · 1 条评论 · 2026年4月17日创建
Add Adjacency Translator
可能重新可做 @korikuzma 于 162 天前认领，目前没有进行中的 PR。未关闭
- 哪里不对？
enhancement

ga4gh/vrs-python#627 · 已指派 1 人 · 2026年4月17日创建
Replace `DataProxy.get_metadata` with `get_length` and `get_aliases`
未关闭
- 哪里不对？
难度 4/5 3-5 天新手友好度 45/100

ga4gh/vrs-python#624 · 4 条评论 · 1 个 reaction · 2026年4月14日创建
Rename translate from/to
未关闭
- 哪里不对？
难度 5/5 一周以上新手友好度 25/100

ga4gh/vrs-python#623 · 1 条评论 · 2026年4月13日创建
Translator should support HGVS splice variants
可能重新可做 @korikuzma 于 234 天前认领，目前没有进行中的 PR。未关闭
- 哪里不对？
ga4gh/vrs-python#612 · 已指派 1 人 · 2026年2月3日创建
Add translator support for uncertain range HGVS expressions
可能重新可做 @theferrit32 于 162 天前认领，目前没有进行中的 PR。未关闭
- 哪里不对？
ga4gh/vrs-python#609 · 已指派 1 人 · 2026年1月23日创建
Subclass of AbstractVcfAnnotator can decide to abort annotation
未关闭
- 哪里不对？
难度 3/5 1-2 天新手友好度 45/100

ga4gh/vrs-python#605 · 2026年1月2日创建
Investigate integrating with DuckDB/Object storage vs. postgres requirement
可能重新可做 @theferrit32 于 163 天前认领，目前没有进行中的 PR。未关闭
- 哪里不对？
v3

ga4gh/vrs-python#600 · 1 条评论 · 已指派 1 人 · 2025年12月17日创建
Integrate seqrepo builds from github actions to vrs-in-a-box
未关闭
- 哪里不对？
难度 4/5 3-5 天新手友好度 45/100

ga4gh/vrs-python#599 · 2025年12月17日创建
RLE_SEQ_LIMIT should be configurable
未关闭
- 哪里不对？
难度 4/5 3-5 天新手友好度 35/100

ga4gh/vrs-python#598 · 1 个 reaction · 2025年12月15日创建
Add a function to recursively add IDs to a VRS object and every contained identifiable object
未关闭
- 哪里不对？
enhancement

难度 4/5 3-5 天新手友好度 38/100

ga4gh/vrs-python#596 · 2 条评论 · 1 个 reaction · 2025年12月4日创建
Create VcfReader class or standalone function which takes INFO key-value pairs and reconstructs VRS Alleles
未关闭
- 哪里不对？
难度 5/5 一周以上新手友好度 35/100

ga4gh/vrs-python#595 · 1 条评论 · 1 个 reaction · 2025年12月3日创建
hgvs to vrs conversion fails with repeat sequence notation
未关闭
- 哪里不对？
难度 3/5 1-2 天新手友好度 42/100

ga4gh/vrs-python#582 · 1 条评论 · 2025年9月18日创建
Upgrade to hgvs 2.0.0a0
可能重新可做 @theferrit32 于 162 天前认领，目前没有进行中的 PR。未关闭
- 哪里不对？
build v3

ga4gh/vrs-python#579 · 2 条评论 · 1 个 reaction · 已指派 1 人 · 2025年8月15日创建
Add additional input/output methods to the `vrs-annotate` CLI
未关闭
- 哪里不对？
难度 4/5 3-5 天新手友好度 45/100

ga4gh/vrs-python#572 · 1 条评论 · 2025年7月24日创建
Add VRS annotator example workflows
未关闭
- 哪里不对？
难度 2/5 1-3 小时新手友好度 38/100

ga4gh/vrs-python#571 · 2 条评论 · 2025年7月23日创建
Set up docker builds and publishing to `ga4gh` dockerhub namespace
未关闭
- 哪里不对？
难度 4/5 3-5 天新手友好度 20/100

ga4gh/vrs-python#570 · 2 条评论 · 2025年7月23日创建
VCF annotator should have additional options/behavior in case where input already has annotations
未关闭
- 哪里不对？
VCF annotator

难度 5/5 一周以上新手友好度 25/100

ga4gh/vrs-python#557 · 2025年6月25日创建
Replace ndjson with jsonl
未关闭
- 哪里不对？
enhancement

难度 2/5 1-3 小时新手友好度 45/100

ga4gh/vrs-python#554 · 4 条评论 · 2025年6月5日创建
Create a bioconda::vrs-python package
未关闭
- 哪里不对？
难度 4/5 3-5 天新手友好度 25/100

ga4gh/vrs-python#553 · 2 条评论 · 2025年5月28日创建
Make vrs-python usable for genomic variant normalization without installing postgresql dependencies
未关闭
- 哪里不对？
难度 3/5 1-2 天新手友好度 45/100

ga4gh/vrs-python#551 · 3 条评论 · 2025年4月23日创建
Make a RefgetDataProxy
可能重新可做 @theferrit32 于 156 天前认领，目前没有进行中的 PR。未关闭
- 哪里不对？
v3

ga4gh/vrs-python#550 · 2 条评论 · 已指派 1 人 · 2025年4月18日创建
Add hosted docs
未关闭
- 哪里不对？
documentation priority:high

难度 5/5 一周以上新手友好度 25/100

ga4gh/vrs-python#548 · 2 条评论 · 2025年4月16日创建
Streamline VCF annotator ABC definition
未关闭
- 哪里不对？
VCF annotator

难度 5/5 一周以上新手友好度 25/100

ga4gh/vrs-python#546 · 2025年4月14日创建
Change seqrepo dataproxy env vars to all use SEQREPO_DATAPROXY_URI
未关闭
- 哪里不对？
难度 2/5 1-3 小时新手友好度 78/100

ga4gh/vrs-python#540 · 8 条评论 · 2025年4月9日创建
Add issue templates
未关闭
- 哪里不对？
chore priority:medium

难度 2/5 1-3 小时新手友好度 45/100

ga4gh/vrs-python#538 · 1 条评论 · 2025年4月4日创建
Support MAF ingestion/annotation
未关闭
- 哪里不对？
priority:low

难度 5/5 一周以上新手友好度 25/100

ga4gh/vrs-python#512 · 2 条评论 · 2025年3月1日创建
Input type issues in using `Translator` to translate from VRS
未关闭
- 哪里不对？
bug VRS translator

难度 4/5 3-5 天新手友好度 48/100

ga4gh/vrs-python#489 · 2 条评论 · 2025年2月3日创建
Fix `HgvsTools.close()`
未关闭
- 哪里不对？
VRS translator

难度 5/5 一周以上新手友好度 35/100

ga4gh/vrs-python#488 · 2 条评论 · 2025年2月3日创建
`translator` to/from methods should be public
未关闭
- 哪里不对？
VRS translator

难度 3/5 1-2 天新手友好度 42/100

ga4gh/vrs-python#481 · 1 条评论 · 1 个 reaction · 2025年1月30日创建
Decouple `test_cnv_translator` and `test_allele_translator`
未关闭
- 哪里不对？
test VRS translator

难度 3/5 1-2 天新手友好度 35/100

ga4gh/vrs-python#479 · 5 条评论 · 2025年1月30日创建
Add `expressions` in AlleleTranslator and CnvTranslator `_from*` methods
未关闭
- 哪里不对？
难度 4/5 3-5 天新手友好度 35/100

ga4gh/vrs-python#478 · 4 条评论 · 2 个 reaction · 2025年1月30日创建
Require python >= 3.11
可能重新可做 @korikuzma 于 608 天前认领，目前没有进行中的 PR。未关闭
- 哪里不对？
build priority:low

ga4gh/vrs-python#477 · 6 条评论 · 已指派 1 人 · 2025年1月25日创建
Translator API/misc improvements
未关闭
- 哪里不对？
enhancement VRS translator

难度 5/5 一周以上新手友好度 30/100

ga4gh/vrs-python#475 · 2 条评论 · 1 个 reaction · 2024年12月24日创建
Remove `ga4gh:` prefix from VCF annotations?
未关闭
- 哪里不对？
enhancement question VCF annotator

难度 5/5 一周以上新手友好度 30/100

ga4gh/vrs-python#470 · 5 条评论 · 2024年12月9日创建
Provide maturity annotation for classes and fields
可能重新可做 @korikuzma 于 648 天前认领，目前没有进行中的 PR。未关闭
- 哪里不对？
enhancement

ga4gh/vrs-python#466 · 已指派 1 人 · 2024年11月15日创建
Bug in the developer installation instructions
未关闭
- 哪里不对？
documentation Product Review

难度 1/5 1 小时以内新手友好度 55/100

ga4gh/vrs-python#457 · 2 条评论 · 2024年10月31日创建
`ga4gh_identify` adds `digest` properties in-place regardless of `in_place` argument
未关闭
- 哪里不对？
bug question

难度 3/5 1-2 天新手友好度 45/100

ga4gh/vrs-python#440 · 2 条评论 · 2024年7月25日创建
setup a list of unique variant examples for the basis of testing
未关闭
- 哪里不对？
难度 3/5 1-2 天新手友好度 45/100

ga4gh/vrs-python#437 · 2 条评论 · 2024年7月18日创建
Provide way to stop normalization if the expression is obviously problematic (such as deletions in large gap/unknown regions)
未关闭
- 哪里不对？
难度 4/5 3-5 天新手友好度 35/100

ga4gh/vrs-python#397 · 5 条评论 · 2024年4月11日创建
Where and how to define the `data_proxy` interface
未关闭
- 哪里不对？
2.0-alpha technical debt

难度 5/5 一周以上新手友好度 25/100

ga4gh/vrs-python#390 · 6 条评论 · 2024年4月10日创建
Redefine extra dependency groups
未关闭
- 哪里不对？
2.0-alpha technical debt

难度 5/5 一周以上新手友好度 20/100

ga4gh/vrs-python#389 · 6 条评论 · 1 个 reaction · 2024年4月10日创建
Add hgvs parsing support for `Range` based SequenceLocations
可能重新可做 @korikuzma 于 905 天前认领，目前没有进行中的 PR。未关闭
- 哪里不对？
enhancement priority:high VRS translator

ga4gh/vrs-python#381 · 5 条评论 · 已指派 1 人 · 2024年4月3日创建
hgvs to vrs is returning valid results when hgvs has `IncorrectReferenceAllele`
未关闭
- 哪里不对？
bug priority:high VRS translator

难度 3/5 1-2 天新手友好度 45/100

ga4gh/vrs-python#364 · 2 条评论 · 2024年3月15日创建
Disabling Genotype
未关闭
- 哪里不对？
难度 4/5 3-5 天新手友好度 25/100

ga4gh/vrs-python#349 · 1 个 reaction · 2024年2月20日创建

ga4gh/vrs-python

ga4gh/vrs-python 对新手友好吗？

如何为 ga4gh/vrs-python 做贡献

哪里不对？

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