Make vrs-python usable for genomic variant normalization without installing postgresql dependencies
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Valutazione
- Difficoltà
- 3/5
- Tempo stimato
- 1-2 giorni
- Idoneità per principianti
- 45/100
- Tipo di issue
- Funzionalità
- Chiarezza
- Abbastanza chiara
- Stato di attività
- Ferma
- Stack tecnologico
- python
- Ambito
- bioinformatics, build-system
Direzione di ricerca
Non sono specificati file o test particolari. Inizia individuando la configurazione delle dipendenze Python del progetto e le destinazioni di installazione, quindi verifica che la normalizzazione delle varianti genomiche possa essere installata senza psycopg2, un compilatore C o le librerie client di PostgreSQL, mentre le funzionalità che dipendono da UTA rimangono disponibili tramite il percorso di installazione esistente.
Scritto dal modello di indicizzazione a partire dal testo della issue.
Descrizione
If you want to normalize any variants using vrs-python right now you need to install psycopg2 and a C compiler and host psql libraries. Genomic sequence variants do not require UTA though and there should be an optional dependency target to install only what is needed for those kinds of variants, excluding all postgresql dependencies.
- Lingua principale
- Python
- Stelle
- 64
- Fork
- 44
- Merge medio
- 3g 2h
- PR unite (30g)
- 6
Preparare l'ambiente
Avvia il container di sviluppo del progetto nel browser, con il tuo account GitHub.
- Include un Dockerfile o un file Docker Compose
- Nessun modello di pull request
- Nessuna guida per i contributori
Come iniziare
- Leggi tutta la issue e poi la guida ai contributi del progetto.
- Commenta sulla issue per dire che te ne occupi tu — evita che due persone facciano lo stesso lavoro.
- Fai un fork del repository e lavora su un branch.
- Apri una pull request che faccia riferimento al numero della issue.
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