Remove `ga4gh:` prefix from VCF annotations?
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- Più di una settimana
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- Chiarezza
- Da chiarire
- Stato di attività
- Ferma
- Stack tecnologico
- python
- Ambito
- bioinformatics
Direzione di ricerca
Inizia individuando l’annotatore VRS VCF e la descrizione corrispondente dell’header VCF. Traccia il modo in cui vengono generati e scritti gli ID degli alleli VRS, quindi determina se i prefissi ga4gh: e VA. sono obbligatori o possono essere omessi esplicitamente. Il lavoro è completo quando il comportamento dei prefissi e le assunzioni relative ai soli alleli sono stati chiariti e l’ambito dell’implementazione o della documentazione è stato concordato.
Scritto dal modello di indicizzazione a partire dal testo della issue.
Descrizione
Currently, the VRS VCF annotator can be used to add full VRS IDs for all REF and ALT alleles to VCF records, e.g. (you'll probably need to scroll right):
chr1 783006 . A G 50 PASS platforms=4;platformnames=PacBio,Illumina,10X,CG;datasets=4;datasetnames=CCS15kb_20kb,HiSeqPE300x,10XChromiumLR,CGnormal;VRS_Allele_IDs=ga4gh:VA.dwwiZdvVtfAmomu0OBsiHue1O-bw5SpG,ga4gh:VA.MiasxyXMXtOpsZgGelL3c4QgtflCNLHD;VRS_Starts=783005,783005;VRS_Ends=783006,783006;VRS_States=A,G GT:PS:DP:ADALL:AD:GQ 1/1:.:652:16,234:0,82:312
These include ga4gh: prefixes. In a file with a lot of rows, this could add a small but nontrivial amount of memory; can we infer (or maybe state explicitly in the corresponding header description) the prefix and leave it off to conserve space?
Similarly, can we leave the VA. prefix? Will VCF attributions with this tool always produce alleles?
- Lingua principale
- Python
- Stelle
- 63
- Fork
- 43
- Merge medio
- 1h 2m
- PR unite (30g)
- 1
Guida per i contributori
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Come iniziare
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