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Add `expressions` in AlleleTranslator and CnvTranslator `_from*` methods

Aperta
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Valutazione

Difficoltà
4/5
Tempo stimato
3-5 giorni
Idoneità per principianti
35/100
Tipo di issue
Funzionalità
Chiarezza
Abbastanza chiara
Stato di attività
Ferma
Stack tecnologico
python
Ambito
bioinformatics

Direzione di ricerca

Inizia leggendo i metodi _from* di AlleleTranslator e CnvTranslator a cui fa riferimento la issue e segui il modo in cui translate_from produce l’oggetto restituito. Aggiorna il maggior numero possibile di metodi applicabili in modo che l’espressione originaria sia inclusa in expressions, quindi verifica che l’input gnomAD mostrato conservi il proprio valore sorgente nel risultato.

Scritto dal modello di indicizzazione a partire dal testo della issue.

Descrizione

This

allele_translator.translate_from("17-7667909-C-A")

Should return this, with the originating expression in the expressions:

{
    "id": "ga4gh:VA.GwrfsSJ88Aenbrr1RFgP2jJ_zZhVpm-1",
    "type": "Allele",
    "digest": "GwrfsSJ88Aenbrr1RFgP2jJ_zZhVpm-1",
    "expressions": [
      {
        "syntax": "gnomad",
        "value": "17-7667909-C-A"
      }
    ],
    "location": {
      "id": "ga4gh:SL.0BtDFWQ3t1v02m-GcqUnzKf6kkLSK3C2",
      "type": "SequenceLocation",
      "digest": "0BtDFWQ3t1v02m-GcqUnzKf6kkLSK3C2",
      "sequenceReference": {
        "type": "SequenceReference",
        "refgetAccession": "SQ.dLZ15tNO1Ur0IcGjwc3Sdi_0A6Yf4zm7"
      },
      "start": 7667908,
      "end": 7667909
    },
    "state": {
      "type": "LiteralSequenceExpression",
      "sequence": "A"
    }
  }

This should be done for as many _from* methods as possible

Lingua principale
Python
Stelle
63
Fork
43
Merge medio
1h 2m
PR unite (30g)
1

Guida per i contributori

Nessuna guida per i contributori indicizzata per questo repository

Come iniziare

  1. Leggi tutta la issue e poi la guida ai contributi del progetto.
  2. Commenta sulla issue per dire che te ne occupi tu — evita che due persone facciano lo stesso lavoro.
  3. Fai un fork del repository e lavora su un branch.
  4. Apri una pull request che faccia riferimento al numero della issue.

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